Ces réfugiés fuiraient un conflit intercommunautaire dans une province au nord de Kinshasa.
Au total 4.358 réfugiés sont arrivés dans une région à plus de 300 km au nord de Brazzaville, a indiqué à l'AFP François Ntsuini, sous-préfet de Makotimpoko dans cette région des Plateaux (centre).
"Aujourd'hui (mardi) nous avons enregistré trois morts: deux enfants de un et trois ans des suites de leurs blessures, puis une femme", a ajouté le sous-préfet.
"Nous avons également reçu 53 blessés essentiellement par balle de fusil de chasse. Ils sont actuellement pris en charge dans un Centre de santé intégré (CSI)", a-t-il affirmé.
Au moins deux blessés graves ont été évacués par voie navigable, selon la même source.
"Il s'agit d'un conflit inter-ethnique ouvert", a expliqué M. Ntsuini.
Des membres de l'ethnie banunu du Mai-Ndombe (ouest de la RDC, au nord de Kinshasa) seraient pourchassés par les Batendé, selon le sous-préfet.
Les autorités de la province du Maï-Ndombe en RDC n'étaient pas immédiatement joignables.
Les ministres congolais de l'Intérieur Raymond Mboulou et sa collègue Antoine Ndinga Nzondo de l'action humanitaire se sont rendus mardi à Makotimpoko, mais n'ont pas fait de déclarations.
Des élections sont prévues dimanche en RDC. Au moins six personnes ont été tuées dans des violences pré-électorales. Kinshasa nie tout mort en lien avec la campagne.
Entre 2009 et 2010 au moins 110.000 personnes fuyant un conflit inter-ethnique dans la province de l'Équateur (nord-ouest de la RDC) avaient trouvé refuge dans le Département de la Likouala, dans l'extrême nord du Congo-Brazzaville.