Les deux parties devaient plancher mercredi soir sur la composition d'un Conseil souverain, organe clé de la transition vers un pouvoir civil.
Mais le Conseil militaire, au pouvoir depuis la destitution le 11 avril du président Omar el-Béchir, a décidé d'une pause, estimant qu'elle était nécessaire pour mettre fin à la dégradation de la situation sécuritaire dans la capitale, où les manifestants ont multiplié les barrages routiers.
Dans un discours diffusé à la télévision tôt jeudi, le chef du Conseil militaire, Abdel Fattah al-Burhane, a demandé le démantèlement des barrages routiers, l'ouverture de ponts et d'une ligne de chemin de fer ainsi que la fin des "provocations" à l'égard des forces de l'ordre.
Ces mesures sont essentielles pour préparer le terrain à un accord global sur la transition politique, a-t-il plaidé.
"Cette décision est regrettable", ont rétorqué les chefs de l'Alliance pour la liberté et le changement (ALC), fer de lance de la contestation, dans un communiqué jeudi.
"Elle ignore les progrès réalisés jusqu'à présent dans les négociations (...) et le fait que si la réunion de mercredi avait permis de donner la touche finale à un accord, cela aurait mis fin à l'escalade, comme les barrages routiers", a souligné l'ALC.
Ils ont dit leur intention de maintenir "le sit-in face au QG des forces armées à Khartoum et à travers le pays".
L'armée s'est à plusieurs fois défendue de vouloir démanteler le principal sit-in de Khartoum mais s'est plainte du fait que les manifestants bloquent également les routes environnantes.
Dès lundi, les généraux ont parlé de situation "inacceptable", dénonçant les entraves à la circulation qui favorise, selon eux, le chaos dans la capitale.
Le général Burhane a déploré ainsi la fermeture d'une ligne de chemin de fer qui empêche, selon lui, d'approvisionner à partir de Khartoum des villes de province en carburant et en produits de première nécessité.
L'ALC a répondu en affirmant que cette ligne était en fait ouverte depuis le 26 avril et évoqué ses efforts pour contenir les manifestants dans le périmètre du principal sit-in.
- Routes rouvertes -
Jeudi matin, plusieurs barrages ont été levés et la circulation a repris dans de nombreuses routes autour du sit-in principal de Khartoum, a constaté un journaliste de l'AFP.
La circulation sur le Boulevard du Nil, que les manifestants bloquaient lundi pour faire pression sur les généraux au début des discussions politiques, a été rétablie en partie.
"On a voulu provoquer le peuple pour retarder le processus mais les pourparlers vont reprendre et un pouvoir civil va être formé", a déclaré sur place à l'AFP un manifestant, Motassem Mohammed Saïd.
Les pourparlers ont permis des avancées majeures. Un accord a eu lieu sur la durée de la période de transition, fixée à trois ans, et sur une assemblée législative de 300 membres, dont les deux tiers seront contrôlés par l'ALC.
Mais les violences dans la capitale ont jeté une ombre sur ces progrès. Six personnes sont mortes lundi dans des heurts entre manifestants et forces de l'ordre, et huit autres ont été blessées mercredi dans les mêmes circonstances.
En quelques jours, l'armée a cessé d'afficher son optimisme et a montré son exaspération face à la pression de la rue.
Elle semble aussi avoir mal pris les critiques contre les unités de paramilitaires de la Force de soutien rapide (RSF) accusées d'avoir tenté de démanteler les barricades par la force et d'avoir provoqué des morts et des blessés parmi les manifestants.
Le général Burhane a défendu ces unités dont le comportement a été dénoncé par l'ALC mais aussi par les ambassades américaine et britannique à Khartoum.
"La RSF a joué un rôle de premier plan en temps de guerre et de paix et a pris la défense du peuple et contribué au succès de sa révolution", a-t-il affirmé.
Le chef du Conseil militaire n'a toutefois pas fermé totalement la porte aux discussions, essentielles pour échafauder les institutions du Soudan de l'après Béchir, qui a dirigé le pays d'une main de fer pendant trois décennies.
A Paris, le porte-parole du ministère français des Affaires étrangères a appelé militaires et opposition à reprendre le dialogue au Soudan pour "mettre en place un gouvernement civil de transition" et préserver "le caractère pacifique de cette transition".