Le canot en détresse avait été repéré mercredi par le Moonbird, l'avion de reconnaissance de l'ONG allemande Sea-Watch, et ses occupants étaient en contact via un téléphone satellitaire avec le numéro d'urgence géré par l'association Watch the Med.
Le canot surchargé était instable et les conditions météo étaient en train de se détériorer, a rapporté la marine pour expliquer que son patrouilleur Cigala Fulgosi soit intervenu à 90 milles nautiques au nord de la Libye, dans la zone dépendant officiellement des garde-côtes libyens.
Mercredi soir, la marine maltaise a pour sa part secouru 75 migrants qui étaient accrochés à une cage à thon en pleine mer.
"Les réfugiés et migrants secourus étaient épuisés, affamés et extrêmement soulagés de toucher la terre ferme après trois jours en mer", a annoncé le Haut-commissariat de l'ONU pour les réfugiés (HCR). Des représentants ont pu leur parler à leur arrivée jeudi matin à La Valette.
Parallèlement, le HCR a annoncé que deux embarcations avec 46 et 57 migrants étaient arrivées dans la nuit à Lampedusa, l'île italienne la plus proche des côtes libyennes.
"Très éprouvés et frigorifiés", ils étaient eux aussi partis de Libye "il y a au moins trois jours" et ont été repérés par des pêcheurs, a précisé le HCR sur les réseaux sociaux.
La majorité des navires militaires qui ont patrouillé au large de la Libye ces dernières années se sont retirés et les navires humanitaires font face à des blocages judiciaires et administratifs.
Le Cigala Fulgosi se trouve dans la zone des secours dans le cadre de l'opération italienne Mare Sicuro, qui vise à garantir la sécurité des plate-formes pétrolières, des pêcheurs et du Capri, un navire militaire italien posté dans le port de Tripoli pour fournir un soutien logistique aux garde-côtes libyens.
Le ministre italien de l'Intérieur, Matteo Salvini, a répété que les ports italiens étaient fermés "pour les clandestins". Début mai, des migrants secourus dans les mêmes conditions par le Cigala Fulgosi avaient pourtant pu débarquer rapidement dans le port militaire d'Augusta (Sicile).
Plusieurs ONG et politiques ont dénoncé le fait que la marine italienne ait attendu près de 24 heures entre la première signalisation du canot et l'intervention du patrouilleur jeudi.
Sea-Watch a aussi rendu publiques jeudi des images tournées le 23 mai depuis le Moonbird. On y voit des dizaines de migrants à bord d'un canot qui se dégonfle au fil des heures, jusqu'à ce que plusieurs migrants se retrouvent à l'eau.
Sur les images, on voit au moins une personne disparaître dans les flots.
Selon Sea-Watch, un navire militaire italien se trouvait à une trentaine de milles nautiques mais a seulement envoyé un hélicoptère surveiller la situation le temps qu'une vedette libyenne arrive pour récupérer les survivants.