"Le directeur des services de santé a levé, avec effet immédiat, la quarantaine à domicile de son excellence", a indiqué la présidence dans un bref communiqué.
Mokgweetsi Masisi avait été placé à l'isolement dès son retour de Namibie, où il avait assisté le 21 mars à la prestation de serment de son homologue namibien Hage Geingob.
Plusieurs centaines de personnes, dont les présidents zimbabwéen Emmerson Mnangagwa et angolais Joao Lourenço, avaient assisté à la cérémonie au palais présidentiel de Windhoek.
Le déplacement de trois présidents d'Afrique australe et la cérémonie, organisés alors que la pandémie gagnait du terrain en Afrique, avaient provoqué la stupeur dans leur pays.
Les trois dirigeants avaient enfreint, en se rendant à Windhoek, les ordres donnés à leurs compatriotes pour tenter de ralentir la progression du virus.
A ce jour, le Botswana a enregistré quatre cas confirmés de Covid-19, dont un décès.