"Pour les trois villes: Antananarivo, Toamasina et Fianarantsoa, confinement pour tout le monde sauf ceux qui ont des motifs légitimes de sortie", a déclaré M. Rajoelina dans un discours radiotélévisé.
Sa décision étend ces mesures jusqu'au 19 avril.
Le chef de l'Etat a également prolongé pour quinze jours la fermeture sur toute la Grande île des écoles, université, églises et salle de spectacles.
"La propagation de l'épidémie est sous contrôle jusqu'à maintenant", a justifié M. Rajoelina, mais un retour à la vie normale "rendrait difficile l'arrêt de la propagation de l'épidémie dans toute l'île".
Considéré comme un des pays les plus pauvres de la planète, Madagascar a officiellement recensé sur son territoire 72 cas de contamination par le coronavirus, mais aucun décès, selon le dernier bilan des autorités.
M. Rajoelina a ordonné il y a deux semaines le confinement de la population d'Antananarivo et Toamasina. Mais son ordre est ignoré par de nombreux habitants, contraints de travailler pour assurer leur survie quotidienne.