Le pays, qui avait annoncé son premier cas de Covid-19 le 14 février, a recensé précisément lundi soir 100.041 contaminations dont 5.541 morts.
Par ailleurs, 79.008 guérisons ont été enregistrées selon le ministère.
En mars, les autorités du pays avaient imposé des mesures visant à limiter la propagation du virus comme la fermeture des lieux de culte, des cafés, des restaurants et des aéroports. Un couvre-feu nocturne avait également été mis en place.
Depuis le 1er juillet, le gouvernement a autorisé la réouverture partielle des mosquées, des églises, des cafés et des restaurants ainsi que des lieux culturels. Il a annulé le couvre-feu et rouvert les aéroports et l'espace aérien.
Les musées, les sites touristiques et archéologiques ont également rouvert progressivement.
Des experts médicaux craignent toutefois, en Egypte comme ailleurs, l'arrivée d'une nouvelle vague de contaminations.