"Il y a deux vidéos qui circulent montrant clairement des abus" de la part de soldats, a déclaré la ministre sur la chaîne d'information Newzroom Afrika.
"Je le condamne, nous ne tolérerons pas que ça se reproduise", a-t-elle assuré, ordonnant que les coupables soient renvoyés dans leur base.
Depuis vendredi et pour trois semaines, la population sud-africaine n'est autorisée à quitter son domicile que pour acheter de la nourriture.
Quelque 3.000 militaires ont été déployés dans le pays pour faire respecter ce confinement total, difficile à mettre en œuvre dans les quartiers les plus pauvres.
Dans un communiqué lundi, la ministre de la Défense a encore exigé des militaires qu'ils "cessent d'utiliser toute force excessive contre les citoyens, quel que soit le niveau de provocation auquel ils peuvent être confrontés".
Sur des vidéos postées ces derniers jours sur les réseaux sociaux, des militaires tabassent à coups de pied une personne, et des civils sont contraints d'avancer en position accroupie sur un trottoir. Ces abus sont commis en présence de policiers.
La police a aussi noté "avec grande inquiétude" ces vidéos, qui doivent encore être authentifiées, a réagi son porte-parole, Vishnu Naidoo. "Un tel comportement par les forces de sécurité est inacceptable", a-t-il ajouté.
Amnesty International a dénoncé ces violences, estimant que "recourir à la force ne permettrait pas de résoudre quoi que ce soit". "Il est impératif d'avoir une approche pédagogique (...) afin de sensibiliser quiconque ne respecte pas les règles du confinement", a ajouté l'ONG.
Human Rights Watch (HRW) a de son côté exigé une "enquête indépendante" et des "sanctions contre les soldats" coupables, saluant toutefois "les déclarations fortes" du ministère de la Défense.
L'Afrique du Sud est le pays d'Afrique subsaharienne qui compte le plus grand nombre de cas confirmés du nouveau coronavirus, plus de 1.200, dont deux décès.