La secousse de magnitude 7,3 selon l'agence nippone (6,9 selon l'institut géologique américain USGS) s'est produite à 05H59 locale (20H59 GMT) à une profondeur de 10 km, avec une prédiction de raz-de-marée allant de quelques dizaines de centimètres à trois mètres, a précisé l'agence.
Une premier petit tsunami a été mesuré en plusieurs endroits, mais il existe un risque de deuxième vague plus élevée, a-t-elle averti.
Aucune information sur des dégâts majeurs ou blessés n'avait été rapportée dans l'immédiat, hormis un début d'incendie dans une raffinerie, selon la NHK.
Le tremblement de terre a été vivement ressenti dans un large périmètre de l'île principale de Honshu, où se trouve Tokyo, réveillant des millions d'habitants de la région qui avait déjà été dévastée par un énorme tsunami en mars 2011.
Les opérateurs des centrales nucléaires ont déclaré observer les données dans leurs installations, dont les centrales Fukushima Daiichi, accidentée en mars 2011, et Fukushima Daini.
Ils ont fait savoir, selon la chaîne publique NHK, qu'aucune anomalie nouvelle n'avait pour l'heure été relevée. Toutes les centrales de la région sont arrêtées.
La NHK a immédiatement interrompu ses programmes pour relayer les informations des autorités.
"Un tsunami arrive, fuyez, prévenez vos voisins, la montée d'eau peut toucher une large zone côtière", déclarait un commentateur de la chaîne publique, qui a une mission d'intérêt général, à l'adresse des habitants des zones touchées.
L'alerte au tsunami concerne la côte de la préfecture de Fukushima, tandis qu'un avis avec un risque plus faible vise plusieurs autres régions le long de la côte nord-est, du nord (Hokkaido) à la côte de Tokyo et sa banlieue au sud.
Une cellule de crise a été ouverte par le gouvernement pour recueillir des informations et donner des instructions aux secours, aux localités et à leurs habitants.
Une conférence de presse de l'agence météorologique était prévue à 23H00 GMT afin d'expliquer le mécanisme de ce tremblement de terre et informer sur les dangers ultérieurs.
Les Japonais sont encore plus sensibles aux risques depuis le tsunami de mars 2011, consécutif à un séisme de magnitude 9. Celui-ci avait tué quelque 18.500 personnes et provoqué une catastrophe à la centrale nucléaire Fukushima Daiichi, où les coeurs de trois réacteurs (sur six au total) étaient entrés en fusion, provoquant le déplacement de dizaines de milliers de personnes. Le site est extrêmement fragilisé et un nouveau tsunami est le danger le plus redouté.
L'archipel nippon a connu en avril deux forts tremblements de terre dans la région de Kumamoto (sud-ouest), suivi de plus de 1.700 répliques, qui avaient fait une cinquantaine de morts et causé d'importants dommages.
Avec AFP