La célébration, avec la présence annoncée du Premier ministre israélien Benjamin Netanyahu, est en ligne avec la reconnaissance par Moscou de Jérusalem-Ouest comme la capitale d'Israël, a dit à l'AFP un porte-parole de l'ambassade, Dmitry Alushkin.
Une telle reconnaissance est distincte de celle annoncée le 6 décembre par les Etats-Unis, rompant avec des décennies de consensus international et de diplomatie américaine.
Le président Donald Trump avait annoncé ce jour-là la reconnaissance de Jérusalem comme la capitale d'Israël, sans distinguer entre l'Ouest, très majoritairement juif, et l'Est, majoritairement palestinien.
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L'administration Trump souligne que cette décision ne préjuge pas du statut final de la ville, ni des frontières sous souveraineté israélienne.
La décision américaine a ravi les Israéliens mais a suscité une large réprobation internationale, et ulcéré les Palestiniens, qui revendiquent Jérusalem-Est pour capitale de l'Etat auquel comme ils aspirent.
En 2017, le ministère des Affaires étrangères russe avait indiqué que la fédération de Russie considérait "Jérusalem-Ouest comme la capitale d'Israël", tout en rappelant que Moscou soutenait les "principes approuvés par l'ONU pour un accord israélo-palestinien, qui incluent le statut de Jérusalem-Est comme capitale du futur état palestinien".
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Israël, qui s'est emparé de Jérusalem-Est en 1967 et l'a annexée, considère toute la ville comme sa capitale "éternelle" et "indivisible".
Pour la communauté internationale, Jérusalem-Est reste un territoire occupé et les ambassades ne doivent pas s'installer dans la ville tant que son statut n'a pas été réglé.
L'ambassade russe est située à Tel-Aviv, et c'est dans cette ville, jusqu'alors, que les Russes célébraient la fête nationale marquant la fondation de la Fédération de Russie.
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Mais cette année, la Russie a décidé de tenir les célébrations à Jérusalem-Ouest, à la Mission Saint-Serge, propriété de Moscou dans le quartier russe de la ville.
Célébrer la fête nationale sur "ce morceau de terre russe (...) symbolise la tradition russe", a dit à l'AFP Dmitry Alushkin.
Le transfert par les Etats-Unis de leur ambassade de Tel-Aviv à Jérusalem, le 14 mai, avait coïncidé avec un bain de sang dans la bande de Gaza, où au moins 61 Palestiniens avaient été tués par des tirs israéliens.
Avec AFP