L'Indonésien Encep Nurjaman, plus connu sous son nom de guerre Hambali, et les deux Malaisiens Mohammed Nazir Bin Lep et Mohammed Farik Bin Amin, sont accusés d'avoir planifié et d'avoir été complices de l'attentat à la bombe contre une discothèque de Bali, qui avait fait 202 morts en octobre 2002, et des attentats à la voiture piégée contre l'hôtel JW Marriott à Jakarta l'année suivante, a indiqué le ministère américain de la Défense dans un communiqué.
Ils sont inculpés de complot, assassinat, tentative d'assassinat, terrorisme, attaques contre des civils, destruction de biens et de complicité par assistance. Aucune date n'a encore été fixée pour leur procès.
La prison militaire de Guantanamo abrite encore une quarantaine de détenus, dont 26 sont considérés comme trop dangereux pour être libérés, mais les procédures légales s'éternisent en raison de la complexité de leurs dossiers.
L'une des difficultés tient au fait que les prisonniers sont passés par les prisons secrètes de la CIA, où certains ont subi des "procédures d'interrogatoires poussés" -- un euphémisme pour désigner la torture -- qui ont servi à construire le dossier d'accusation.
Or la justice américaine ne considère pas les aveux obtenus sous la torture comme des preuves admissibles.
Tous les trois avaient séparément été arrêtés en Thaïlande en 2003.
Le chef religieux islamiste Abu Bakar Bachir, considéré comme le leader spirituel de Jemaah Islamiyah, a été libéré de prison début janvier, suscitant la colère des victimes des attentats de Bali. Le groupe, lié à Al-Qaïda, a été fondé dans les années 1980 par des militants islamistes indonésiens exilés en Malaisie, et a créé des cellules dans plusieurs pays d'Asie du Sud-Est.