Le président Peter Mutharika a ordonné à ses compatriotes de rester chez eux à compter de samedi et pour au moins trois semaines pour tenter d'endiguer la pandémie de Covid-19.
Selon le dernier bilan des autorités, 16 cas de contamination ont été rapportés dans le pays, dont deux mortels.
Les vendeurs informels ont fait savoir qu'ils n'obéiraient pas à l'ordre de confinement.
Plusieurs milliers d'entre eux ont défilé jeudi dans les rues de la ville de Mzuzu (nord) contre l'ordre de confinement, a-t-on appris auprès du porte-parole de la municipalité, MacDonald Gondwe.
Dans la capitale économique du pays Blantyre, Chancy Widoni, responsable d'une association qui regroupe quelque 5.000 vendeurs de rue, a annoncé à l'AFP leur décision de défier l'ordre des autorités.
"Pour nous les vendeurs qui vivons exclusivement de ce que nous vendons au jour le jour, (ce confinement) va nous mettre à genoux", a expliqué M. Widoni, "si nous fermons notre marché ne serait-ce qu'une journée, nous ne pourrons plus nourrir nos familles".
"Nous sommes en contact avec tous les vendeurs et les commerçants du pays, nos espérons que les autorités vont entendre nos inquiétudes", a-t-il ajouté.
De son côté, une influente organisation de la société civile a annoncé son intention de contester l'ordre présidentiel devant la justice au motif qu'il n'est accompagné d'aucune mesure pour compenser les plus démunis.
"Nous avons approché le tribunal pour qu'il ordonne la suspension" du confinement, a déclaré à l'AFP Gift Trapence, responsable de la Coalition des défenseurs des droits humains (HRDC).
Le Malawi est considéré comme l'un des pays les plus démunis de la planète. Selon la Banque mondiale, plus de la moitié (51,5%) de ses 17 millions d'habitants vit sous le seuil de pauvreté.