Ouvert le 11 octobre devant un tribunal militaire 34 ans après les faits, le procès avait été suspendu à la demande d'avocats de la défense commis d'office, qui souhaitaient plus de temps pour pouvoir étudier "les 20.000 pièces du dossier".
Douze des 14 accusés étaient présents lundi à la reprise du procès, dont le général Gilbert Diendéré, 61 ans, un des principaux chefs de l'armée lors du putsch de 1987.
Le principal accusé, l'ancien président Blaise Compaoré - que ce putsch a porté au pouvoir qu'il a gardé pendant 27 ans avant d'en être chassé par la rue en 2014 - était absent à la reprise du procès, tout comme il l'était à son ouverture. Ses avocats ont dénoncé "un simulacre de procès" devant "un tribunal d'exception".
Blaise Compaoré, qui vit en Côte d'Ivoire depuis 2014, pays dont il a obtenu la nationalité, est accusé de "complicité d'assassinats", "recel de cadavres" et "attentat à la sûreté de l'Etat".
Les mêmes accusations pèsent sur le général Diendéré qui purge déjà au Burkina une peine de 20 ans de prison pour une tentative de coup d'Etat en 2015.
Parmi les accusés, figurent également des soldats de l'ancienne garde présidentielle de M. Compaoré.
L'un d'eux, l'ancien adjudant-chef Hyacinthe Kafando, soupçonné d'avoir été le chef du commando ayant assassiné Thomas Sankara, est en fuite.
La veuve de Thomas Sankara, Mariam, venue de France où elle réside habituellement pour assister au procès de son mari assassiné, a signé une pétition demandant que le procès soit filmé "pour l'Histoire". Cette demande a été rejetée le jour de l'ouverture du procès par le tribunal militaire.
Dans un communiqué publié il y a dix jours, Mariam Sankara a dit espérer "que le tribunal se ravisera" et "accédera à cette requête".
"Car il s’agit non seulement de juger les acteurs de ce crime, mais également d’informer le peuple, de mettre en mémoire, avec les moyens de communication modernes, ce moment important de notre histoire collective et individuelle", écrivait-elle.
A l'ouverture du procès, le réseau international "Justice pour Thomas Sankara, justice pour l'Afrique" avait souligné le risque qu'il n'aborde pas le rôle joué par la France, les Etats-Unis et de pays ouest-africains comme la Côte d'Ivoire de Félix Houphouët Boigny et du Togo de Gnassingbé Eyadema, alors ulcérés par les prises de position anti-impérialistes de ce jeune révolutionnaire adulé par la jeunesse africaine.