Le canal de Suez, point de passage d'environ 10% du commerce mondial, selon des experts, avait été bloqué pendant six jours en mars, occasionnant une forte perturbation du trafic maritime.
Le navire géant, d'une capacité de 200.000 tonnes, a commencé à se déplacer vers le nord, en direction de la Méditerranée, peu après 11h30 (09h30 GMT) et après de longues négociations sur les indemnisations.
Lors d'une cérémonie sur les rives du canal, l'Autorité du canal de Suez (SCA) a ensuite signé un accord d'indemnisation avec le propriétaire japonais du navire, Shoei Kisen Kaisha, dont les termes sont restés confidentiels.
L'avocat de la SCA, Khaled Abou Bakr, a insisté lors d'une allocution peu avant la signature sur la "confidentialité" de l'accord.
Dimanche, Oussama Rabie, le président de la SCA, avait indiqué dans un entretien télévisé que l'Egypte recevrait, outre des dédommagements financiers, un remorqueur d'une capacité de 75 tonnes de la part du propriétaire de l'Ever Given.
Le Caire avait réclamé au début 916 millions de dollars (environ 767 millions d'euros), avant de revoir ses prétentions à la baisse à 600 puis à 550 millions de dollars.
Lors d'une conférence de presse mercredi, M. Rabie a estimé que la "difficulté des négociations était de rapprocher les positions car chaque partie s'en tenait à son opinion".
Auparavant, il avait annoncé "au monde" la conclusion de l'accord, avec les drapeaux égyptiens et japonais en arrière plan, en direct à la télévision égyptienne, jugeant que l'incident de l'Ever Given était un "test difficile" pour l'Egypte "sous les regards du monde entier".
Les images de ce navire, l'un des plus grands au monde, coincé pendant près d'une semaine fin mars en travers de la cruciale voie maritime, ont eu beaucoup de retentissements sur les réseaux sociaux et dans les médias du monde entier.
Manque à gagner
L'accord d'indemnisation avait été annoncé dès dimanche par les autorités égyptiennes, ouvrant la voie au départ du navire. Le tribunal économique d'Ismaïlia avait ensuite mis fin mardi à la saisie conservatoire du navire.
Le navire géant, battant pavillon panaméen et exploité par l'armateur taïwanais Evergreen Marine Corporation, a encastré sa proue dans la rive est de la voie navigable le 23 mars se mettant en travers du canal et bloquant toute circulation.
Les opérations de dégagement, qui ont duré six jours, ont nécessité plus d'une dizaine de remorqueurs, ainsi que des dragues pour creuser le fond du canal.
L'Ever Given avait ensuite été dirigé vers le grand lac Amer, au centre du canal, par les autorités égyptiennes qui ont réclamé une indemnisation au propriétaire du navire, pour le manque à gagner pendant l'incident, le coût du sauvetage ou encore les dommages occasionnés au canal.
D'après la SCA, l'Egypte a perdu de 12 à 15 millions de dollars par jour de fermeture.
En outre, un employé de la SCA est décédé pendant les opérations de renflouage du navire, selon l'autorité égyptienne. Et le revêtement des berges a été endommagé.
Au total, 422 navires chargés de 26 millions de tonnes de marchandises ont été bloqués.
Selon l'assureur Allianz, les pertes ont atteint six à dix milliards de dollars par jour pour le commerce maritime mondial.
Un accord "initial" sur des indemnisations avait été annoncé fin juin entre l'Egypte et le propriétaire de l'Ever Given, sans précision de montant.
Figurant parmi ses principales sources de revenus, le passage du canal a rapporté environ 5,7 milliards de dollars à l'Egypte en 2019-2020.
Près de 19.000 navires ont emprunté le canal en 2020, selon la SCA, soit une moyenne de 51,5 navires par jour.
A la suite du blocage de la voie navigable, le président égyptien, Abdel Fattah al-Sissi, avait promis que son pays se doterait de davantage d'équipements adaptés pour être prêts à faire face à des situations similaires.