Les Blues écopent également d'une amende de 600.000 francs suisses, un peu moins de 530.000 euros, et devront régulariser la situation des joueurs mineurs concernés dans les 90 jours.
La Fédération anglaise est quant à elle sanctionnée d'une amende de 510.000 francs suisses (environ 450.000 euros) et "dispose d'un délai de six mois" pour clarifier ses règles en matière de transferts internationaux de joueurs mineurs, a ajouté la Fifa.
L'interdiction de recrutement infligée à Chelsea a été notifiée vendredi et peut être contestée devant une commission d'appel.
Cette sanction est un gros coup dur pour le club anglais qui ne pourra pas recruter lors des marchés d'été et d'hiver qui viennent, alors que certains joueurs ont manifesté leur souhait de quitter les Blues, comme la star belge Eden Hazard.
En janvier 2016, la Fifa avait déjà condamné l'Atlético Madrid et le Real Madrid pour des raisons similaires, après une enquête de la commission de discipline sur la participation de joueurs mineurs à des compétitions.
Si le Real avait obtenu du Tribunal arbitral du sport (TAS) une levée de sa sanction, l'Atlético avait vu son interdiction de transfert maintenue jusqu'en janvier 2018.