"Sous l'action de pluies torrentielles, le terrain a cédé et la coulée est partie" du haut d'une rivière dans la ville côtière d'Atami, a précisé le gouverneur du département de Shizuoka, Heita Kawakatsu, aux journalistes.
"Elle a balayé maisons et habitants sur son passage", coupant une route nationale, a-t-il ajouté.
Pour ce qui est du bilan humain, "deux personnes sont en état d'arrêt cardio-respiratoire", a-t-il déclaré, utilisant le terme employé dans le pays avant la confirmation d'un décès par un médecin, et une vingtaine d'autres sont toujours portées disparues après le glissement de terrain qui s'est produit vers 10H30 locales (01H30 GMT).
Des images diffusées par la télévision nippone montraient les torrents de boue détruisant des bâtiments à Atami, tandis que des habitants tentaient de se mettre à l'abri.
"J'ai entendu un bruit horrible et j'ai vu une coulée de boue dévaler la pente alors que les sauveteurs demandaient aux habitants d'évacuer. Alors j'ai couru" pour gagner un endroit plus élevé, a déclaré à la chaîne de télévision publique NHK le responsable d'un temple bouddhiste.
"Quand je suis revenu, les maisons et les voitures qui étaient devant le temple avaient disparu", a-t-il raconté.
- "Niveau d'alerte maximum" -
Le Premier ministre nippon Yoshihide Suga a annoncé que les services d'urgence et les Forces d'auto-défense japonaises (nom officiel de l'armée) avaient lancé des opérations de sauvetage et d'évacuation, soulignant que davantage de pluies torrentielles étaient attendues.
"Nous devons être au niveau d'alerte maximum", a-t-il déclaré lors d'une réunion d'urgence.
La ville d'Atami a reçu vendredi et samedi 313 mm de pluie en 48 heures, selon la NHK - alors qu'elle enregistre en moyenne chaque année environ 240 mm pour l'ensemble du mois de juillet.
Cette station balnéaire située à environ 90 kilomètres au sud-ouest de Tokyo est connue pour ses sources d'eau thermale.
Plus de 2.800 foyers de la région étaient privés d'électricité, selon la compagnie d'électricité Tepco.
La circulation du Shinkansen, le train à grande vitesse japonais, a été temporairement suspendue entre Tokyo et Osaka (Ouest) à cause des fortes pluies, et d'autres trains ont également été stoppés, selon les sites des compagnies ferroviaires.
Une grande partie du Japon est actuellement en pleine saison des pluies, ce qui provoque souvent inondations et glissements de terrain, incitant les autorités locales à lancer des ordres d'évacuation.
Selon les scientifiques, le phénomène est accentué par le changement climatique car une atmosphère plus chaude retient davantage d'eau, accroissant le risque et l'intensité des précipitations extrêmes.
En 2018, les inondations dans l'ouest du Japon avaient tué plus de 200 personnes.