Plus de 60.000 personnes ont pris part au vote dans au moins sept centres improvisés, selon les organisateurs, des représentants de la jeunesse et des habitants de Beni.
Au total 182.800 électeurs étaient enregistrés à Beni-ville, d'après les chiffres de la Commission électorale nationale indépendante (Céni).
Des milliers de personnes ont glissé dimanche des bulletins manuscrits dans des urnes improvisées, selon un correspondant de l'AFP.
Des centaines de bulletins étaient dépouillés et comptés dans deux "bureaux de vote" visités par l'AFP dimanche soir et lundi matin. La "compilation" (centralisation des résultats) était également en cours dans plusieurs bureaux.
D'après les organisateurs, une écrasante majorité des suffrages s'est portée sur le nom du candidat de l'opposition Martin Fayulu, qui avait lancé sa campagne à Beni début décembre.
Trois jours avant l'annonce du vote dimanche, la Céni avait annoncé le report des élections à Beni, officiellement pour des raisons sanitaires et sécuritaires.
La cité du Nord-Kivu et sa région sont la cible de massacres de civils attribués aux milices ADF (Allied Defense Forces) et d'une épidémie d'Ebola déclarée début août qui a entraîné 360 décès sans être encore maîtrisée.
L'opposition a dénonce cette décision qui met à l'écart selon elle un de ses bastions antiprésident Joseph Kabila.
Des démonstrations de la machine à voter utilisée par la Céni avaient eu lieu début septembre à Beni bien avant l'annonce du report.