Les électeurs ont jusqu'à mercredi soir pour se rendre dans les bureaux de vote protégés par des policiers armés et dont les murs sont couverts d'affiches appelant à une participation massive.
"Cette consultation n’est pas nécessaire, voire légitime. Le gouvernement a pris le point qui lui convient dans l’accord de Doha en organisant ce référendum alors que d’autres points plus importants sont laissés de côté, tels que le sort du million de déplacés, et le règlement du conflit armé dans la région. C'est un vote qui risque d’attiser les tensions ethniques sur le terrain", confie à VOA Afrique Jibril Abdelbagi, vice-président du Darfur Relief and Documentation Centre, basé à Genève.
"L'issue de ce référendum donnera l'occasion aux alliés du gouvernement, aux milices qui font la guerre, aux Janjawids d'avoir un contrôle absolu sur certaines régions du Darfour. En fait, c'est un jeu politique qui aboutira au contrôle des terres et au contrôle des ressources naturelles comme le pétrole, cuivre et l'uranium. Il faut que le gouvernement arrête cette mascarade. Ça va compliquer la situation et la réalité sur le terrain", affirme M. Abdelbagi.
"Tous les bureaux de vote ont ouvert et aucun problème n'a été relevé", a indiqué à l'AFP Omar Ali Jomaa, chef de la commission électorale.
Malgré la persistance des combats au Darfour, le président soudanais Omar el-Béchir avait souhaité le maintien de cette consultation populaire.
Les électeurs doivent décider s'ils veulent conserver l'organisation administrative actuelle du Darfour, divisé en cinq Etats, ou les fusionner en une seule et même région.
La première option est soutenue par M. Béchir mais critiquée par les observateurs qui affirment qu'elle renforce encore davantage le contrôle du pouvoir sur cette région d'environ 500.000 km2 dont le sous-sol recèle d'importantes richesses (pétrole, uranium et cuivre).
Les insurgés qui combattent le régime de Khartoum depuis 2003 sont des fervents partisans de l'unification du Darfour, mais ils ont décidé de boycotter le référendum qu'ils jugent inéquitable.
Les Etats Unis ont également fait part de leurs inquiétudes, estimant qu'"un référendum au Darfour ne pouvait pas être considéré comme une expression crédible de la volonté du peuple du Darfour".
Dans un camp de déplacés situé aux portes de la ville d'El Fasher, capitale de la province du Darfour Nord, un centre de soin accueille les électeurs.
"J'ai voté pour une seule région (capable) de résoudre les problèmes du Darfour", confie Fathiya Adam Hassan, une habitante du camp âgée de 38 ans.
En cherchant son nom sur la liste électorale affichée devant les portes du centre de santé, Samia Haroun ne cache pas son soutien pour le maintien d'un système à cinq Etats, également plébiscité par le parti au pouvoir, le Congrès national. "Je veux cinq Etats, je veux que ce choix l'emporte", lance l'électrice.
- Inquiétudes internationales -
Le Darfour, où vivent de nombreux groupes ethniques, formait une région unique jusqu'en 1994, date à laquelle le gouvernement l'a divisé en trois Etats: Darfour-Nord, Sud et Ouest. Deux Etats supplémentaires ont été créés en 2012.
En 2003, des groupes armés d'origine non arabe, estimant que leur région était marginalisée par Khartoum, se sont rebellés. Depuis, le conflit a fait 300.000 morts selon l'ONU -10.000 selon Khartoum- et plus d'un million de déplacés. Les violences s'y poursuivent mais à une moindre échelle.
C'est au regard de ce contexte que les rebelles boycottent le référendum : pour eux, les troubles et le nombre important de déplacés biaisent la donne. Mais leur boycott et les critiques internationales n'ont pas entamé la volonté de Khartoum d'organiser cette consultation.
"Le gouvernement pourra dire: 'Nous ne discuterons plus puisque le référendum a tranché'", affirme Magdi al-Gizouli, un expert indépendant.
La commission chargée du référendum soutient elle que l'intérêt pour le scrutin est important avec "3.583.105 inscrits sur 4.588.300 qui avaient la possibilité de le faire", un chiffre impossible à vérifier de sources indépendantes, notamment à cause de l'accès limité de la presse au Darfour.
En raison du conflit au Darfour, M. Béchir est depuis mars 2009 sous le coup d'un mandat d'arrêt de la Cour pénale internationale pour crimes contre l'humanité et crimes de guerre, et depuis juillet 2010, pour génocide. Le président soudanais rejette toutes ces accusations.
Avec AFP