L'affaire avait provoqué un scandale dans le pays où le service militaire, obligatoire pour les hommes et volontaire pour les femmes, est remis en question, en dépit de la menace que représente toujours la Corée du Nord.
La plaignante, un sergent-chef, avait accusé un de ses collègues de l'avoir sexuellement agressée en mars dans un véhicule militaire, selon le ministère de la Défense.
Elle avait formellement déposé plainte, mais selon sa famille elle avait été contrainte de la retirer et d'accepter un accord négocié.
A sa demande, elle avait été transférée dans une autre base, où elle a été retrouvée morte dans sa chambre le mois dernier. L'armée et sa famille ont conclu au suicide.
"Comment pouvez-vous prétendre défendre tout un pays quand vous n'êtes même pas capables de protéger un membre de votre armée", a dénoncé la mère de la victime, sur un média local.
Vendredi après-midi, plus de 350.000 personnes avaient signé une pétition adressée à la présidence et réclamant une enquête approfondie sur les accusations d'agressions sexuelles.
Un suspect dans cette affaire a été arrêté cette semaine.
Le patron de l'armée de l'Air, le général Lee Seong-yong a présenté vendredi sa démission, qui a été acceptée par le président Moon Jae-in.
"Je me sens une lourde responsabilité", a affirmé le général.
La plupart des 599.000 soldats sud-coréens sont des conscrits, face à une Corée du Nord qui compte 1,28 million de militaires.
Sous les drapeaux, les jeunes n'ont pas accès aux smartphones, jouent des heures durant le rôle ingrat de sentinelle, et sont largement confinés sur leur base, ce qui favorise les abus et l'exploitation de la part de plus gradés qu'eux.
Eviter de remplir ce devoir dans une société sud-coréenne conformiste peut avoir des répercussions professionnelles et entraîner une stigmatisation sociale durable.