La rencontre intervient au moment où le président palestinien Mahmoud Abbas exhorte les dirigeants arabes, musulmans et africains à dénoncer le plan du président américain Donald Trump censé mettre un terme au long conflit israélo-palestinien qu'il juge trop favorable à Israël.
Mais nombre de dirigeants arabes maintiennent pour l'instant le silence sur ce plan, alors que l'Etat hébreu, lui, tente de resserrer ses liens avec des pays de la région qui lui étaient historiquement hostiles.
"J'ai rencontré à Entebbe (Ouganda) le président du Conseil souverain du Soudan... et nous avons convenu d'entamer une coopération qui normalisera les relations entre les deux pays", a déclaré sur Twitter M. Netanyahu, à l'occasion d'une visite d'un jour en Ouganda, sa cinquième en Afrique "depuis environ trois ans et demi".
Le porte-parole du gouvernement soudanais a pour sa part assuré que le gouvernement de son pays n'avait "pas été averti" à l'avance de cette entrevue, sans davantage de précisions.
"Cette rencontre est un coup de couteau dans le dos du peuple palestinien", a fustigé Saëb Erekat, négociateur en chef et secrétaire général de l'Organisation de libération de la Palestine (OLP), au moment où selon lui, "l'administration du Président Donald Trump et le Premier ministre israélien Netanyahu tentent de détruire la cause palestinienne".
Les pays arabes ont historiquement fait du règlement de la question palestinienne la condition d'une normalisation avec Israël.
Mais M. Netanyahu défend une approche inversée dans laquelle ce serait une normalisation avec les pays arabes qui favoriserait la paix avec les Palestiniens.
Parmi les pays arabes, Israël n'entretient de relations diplomatiques qu'avec l'Egypte et la Jordanie. M. Netanyahu ne cesse de proclamer que les nouvelles réalités régionales, à commencer selon lui par l'expansion de l'influence iranienne, créent une convergence d'intérêts avec les pays arabes.
Alors que les Etats-Unis considèrent encore le Soudan comme un pays soutien du terrorisme, le secrétaire d'Etat Mike Pompeo a "remercié" Abdel Fattah al-Burhane par téléphone pour son rôle important dans "la normalisation des liens avec Israël" et l'a invité à Washington, a indiqué la diplomatie américaine.
- Darfour -
Une normalisation avec le Soudan serait d'autant plus significative que Khartoum a longtemps accusé Israël de soutenir les rébellions sud-soudanaises et du Darfour.
Omar el-Béchir, président soudanais destitué en avril, accusait notamment Israël de soutenir le chef rebelle Abdelwahid Nour, du Darfour.
Aujourd'hui dirigé par une autorité de transition menée par le général al-Burhane, "le Soudan s'oriente vers une nouvelle direction positive... le général Abdel Fattah al-Burhane désire aider son pays à se moderniser en mettant fin à son isolement", a déclaré M. Netanyahu dans un communiqué.
Omar el-Béchir est l'objet de deux mandats d'arrêt émis par la CPI pour "génocide", "crimes contre l'humanité" et "crimes de guerre", au Darfour, où la guerre a fait 300.000 morts et 2,5 millions de déplacés, selon l'ONU.
Des milliers de Soudanais ont d'ailleurs demandé l'asile en Israël au cours de la dernière décennie.
Les mandats de la CPI et le conflit au Darfour avaient contribué à l'isolement diplomatique de Khartoum et à l'imposition de lourdes sanctions au Soudan.
- Ambassade à Jérusalem -
Israël tente aussi de convaincre un nombre croissant de pays de suivre l'exemple des Etats-Unis en reconnaissant Jérusalem comme sa capitale, à l'instar du plan Trump présenté la semaine dernière à Washington.
La plupart des ambassades étrangères sont installées à Tel-Aviv pour ne pas préempter le résultat de négociations entre Israéliens et Palestiniens.
Outre les Etats-Unis, à ce jour, seul le Guatemala a transféré et maintenu son ambassade à Jérusalem.
L'Ouganda "étudie" la possibilité d'ouvrir une ambassade à Jérusalem, a annoncé lundi son président Yoweri Museveni, à l'issue d'une rencontre avec M. Netanyahu.
L'Ouganda n'a pas d'ambassade en Israël. Et M. Netanyahu a indiqué qu'Israël ouvrirait une ambassade en Ouganda si ce pays ouvrait une ambassade à Jérusalem.
Le Premier ministre israélien joue la carte de ses relations internationales à l'approche des législatives du 2 mars, cruciales à sa survie politique alors qu'il est inculpé pour corruption.
La ville ougandaise d'Entebbe revêt une importance particulière pour le M. Netanyahu: c'est là qu'a été tué en 1976 son frère Yonathan, "héros" d'un raid israélien ayant mené à la libération d'otages aux mains de pirates de l'air ayant détourné un vol d'Air France en provenance de Tel-Aviv.
