L'accident est survenu vendredi vers 21h00 (20h00 GMT) à Latte, section de la commune de Vintimille, à quelques kilomètres du col de Ponte San Ludovico, à proximité de la frontière franco-italienne.
Le jeune homme, âgé d'une vingtaine d'années, a été percuté par un train régional parti de Vintimille en direction de la France.
Son corps était toujours samedi en cours d'identification.
Près de 180.000 migrants sont arrivés sur les côtes italiennes en 2016, une année record. Une partie monte à Vintimille pour tenter de passer en France.
Les deux tiers des migrants en transit à Vintimille sont originaires du Soudan et pour 10% d'entre eux d'Ethiopie et d'Erythrée, dont le régime totalitaire rend les ressortissants éligibles à l'asile en France.
Avec AFP