Les forces de sécurité ont tiré des gaz lacrymogènes et affronté des manifestants qui s'étaient rassemblés dans la capitale, Lomé, et dans plusieurs autres villes du pays malgré une interdiction décrêtée par les autorités.
Dans un communiqué publié samedi soir, le gouvernement a fait état de deux morts, dont un par balle.
La principale coalition de l'opposition, regroupant 14 partis, a évoqué un troisième décès possible.
"Le bilan provisoire de cette violente répression serait de 3 morts et de plusieurs blessés graves", a affirmé son chef de file, Jean-Pierre Fabre, dans une déclaration publiée samedi soir.
Quatre membres des forces de l’ordre ont été blessées et 28 manifestants interpellés, a ajouté le gouvernement
La coalition, qui boycotte les prochaines législatives, dénonçant des "irrégularités" dans leur préparation, avait appelé à des manifestations pendant une dizaine de jours à partir de samedi pour exiger l'arrêt du processus électoral.
Ces manifestations ont été interdites par le gouvernement qui a évoqué le "risque très élevé de troubles graves à l'ordre public" alors que la campagne électorale a démarré mardi dernier.
M. Fabre a "condamné avec la dernière vigueur la folie meurtrière du régime, à laquelle les plus hauts gradés de l’armée ont pris part" et a "formellement rejeté les explications scabreuses données par le gouvernement sur la sauvagerie de la répression des manifestations".
La coalition réclame notamment des réformes constitutionnelles pour permettre la limitation des mandats présidentiels et, pour ce qui est des législatives, la recomposition du bureau de la Commission électorale nationale indépendante (Céni) et la reprise de toutes les activités déjà menées par cette institution.
Le pays traverse une grave crise politique depuis plus d'un an, avec des manifestations massives pour réclamer la démission du président Faure Gnassingbé. Ce dernier a succédé en 2005 à son père qui avait dirigé le Togo d'une main de fer pendant 38 ans.
Les Eglises évangéliques, presbytériennes et méthodistes du Togo ont appelé mercredi à un "report de quelques mois" des élections, dénonçant "les conditions non consensuelles" de leur organisation. Vendredi, les "cadres musulmans" du Togo ont également appelé à un "report".