La Commission électorale nationale (CNE) a annoncé dimanche que les résultats seront connus mercredi, jour du Nouvel an.
La compilation et le décompte des voix, entamés dès la fermeture des bureaux dimanche soir, se poursuivaient lundi, a déclaré à l'AFP un responsable de la CNE.
A Bissau, le calme régnait lundi matin dans les états-majors de campagne des deux candidats, le chef du PAIGC, parti majoritaire au Parlement, Domingos Simoes Pereira, et un dissident de cette formation, Umaru Sissoco Embalo, ont constaté des journalistes de l'AFP.
Aucun des deux camps n'a revendiqué la victoire.
Le groupe des organisations de la société civile (GOSCE), une cellule locale de surveillance du scrutin, a estimé que le vote "a bien démarré, s'est bien déroulé et a bien fini sans incident", dans une déclaration publiée tard dimanche.
Il a félicité la CNE "pour son professionnalisme".
Visée par des accusations de fraude de l'opposition, la CNE a "réfuté les informations sans consistance véhiculées sur les réseaux sociaux".
Sa porte-parole, Felisberta Vaz Moura a appelé les candidats et médias à "s'abstenir de véhiculer des informations liées aux résultats électoraux" avant les annonces officielles.
- Report des voix -
Mme Vaz a aussi appelé le "peuple à rester calme, serein et vigilant contre les manoeuvres visant à compromettre le déroulement du processus électoral".
Le candidat de l'opposition, Umaro Sissoco Embalo, avait repris des allégations accusant la CNE de bourrage d'urnes la veille du scrutin en faveur de son adversaire.
Plus de 700.000 électeurs de cette ancienne colonie portugaise au climat tropical étaient appelés à voter.
M. Pereira, chef du Parti africain pour l'indépendance de la Guinée et du Cap-Vert (PAIGC), avait obtenu 40,1% des voix au premier tour, suivi de M. Embalo (près de 28% des suffrages).
M. Embalo, investi par le parti Madem, créé par des dissidents du PAIGC, comptait pour rattraper son retard sur un report des voix des électeurs des principaux candidats recalés au premier tour, dont le président José Mario Vaz, élu en 2014, qui lui ont apporté leur soutien.
La Guinée-Bissau, petit pays de 1,8 millions d'habitants, est engluée dans la crise depuis quatre ans à cause de la mésentente entre le PAIGC et le président José Mario Vaz, un ancien responsable de cette rmation dont il a été exclu.
L'enjeu du scrutinest e mettre fin à ce blocage politique persistant, dans un pays parmi les derniers au monde selon l'indice de développement humain du Programme des Nations-unies pour le développement (PNUD).
La Guinée-Bissau est depuis son indépendance du Portugal en 1974 coutumière des coups d'Etat, le dernier en 2012, menés par une armée longtemps très impliquées dans la vie politique et mêlée au trafic de cocaïne venant d'Amérique latine.
- Acceptation des résultats -
La participation au scrutin de dimanche a été élevée, selon la CNE qui n'a pas cependant donné de chiffres. Elle était de 73% au premier tour.
L'attitude des candidats à l'issue de la proclamation des résultats reste une inconnue et une source d'inquiétude.
Pour prévenir des tensions et les amener à accepter ces résultats, "nous avons parlé aux candidats avant le scrutin et nous continuons à le faire", a déclaré à l'AFP une source diplomatique.
Les craintes d'une nouvelle irruption de l'armée dans le jeu politique semblent avoir été dissipées par l'affirmation, maintes fois répétée, par son chef, le général Biague Na Ntam, qu'elle n'interviendrait pas.
Les deux candidats, deux anciens Premiers ministres, ont promis de redresser le pays.
M. Pereira, 56 ans, est un ingénieur en génie civil au large sourire, qui a conduit la victoire du PAIGC aux élections législatives de mars.
Umaro Sissoco Embalo, un général de brigade de réserve de 47 ans, ancien du PAIGC, est un dissident de cette formation, un homme invariablement coiffé keffieh rouge et blanc.