La "Sierra Leone est disqualifiée des éliminatoires et les résultats de ses matches sont annulés", écrit la CAF dans un communiqué publié lundi.
La disqualification de la Sierra Leone entraîne la qualification du Kenya et du Ghana, qui occupent les deux premières place du groupe F.
La CAF ne précise pas la raison pour laquelle la disqualification a été décidée, mais la Sierra Leone est par ailleurs suspendue par la FIFA pour ingérence gouvernementale.
La FIFA reproche en effet aux autorités l'éviction de la présidente de la SLFA Isha Johansen et du secrétaire général Chris Kamara par le ministre des Sports, pour des soupçons de corruption, matches truqués et direction défaillante.
Début octobre déjà, la CAF avait annulé deux matches de la Sierra Leone contre le Ghana prévus en octobre, en raison de la dispute entre Freetown et la FIFA.
L'organisation de la Coupe d'Afrique des Nations 2019 a été retirée au Cameroun vendredi pour cause de retards dans les travaux d'infrastructures.
Un cabinet a été mis en place pour "déterminer un nouveau pays organisateur d'ici la fin de l'année".