Les électeurs étaient aussi appelés mardi à renouveler leurs députés et conseillers locaux dans ce petit Etat agricole très pauvre d'Afrique australe.
Les bureaux de vote ont fermé à 18H00 (16H00 GMT) et les premiers résultats sont attendus mercredi soir ou jeudi.
Sept candidats étaient en lice pour la présidentielle, mais le scrutin à un seul tour se joue entre le sortant Peter Mutharika, son vice-président Saulos Chilima et le chef de l'opposition Lazarus Chakwera, selon les observateurs.
"Il est très important dans une démocratie" de voter car "cela montre que les gens ont le pouvoir", a déclaré M. Mutharika, 78 ans, après avoir glissé son bulletin dans l'urne à Thyolo (sud).
En campagne, il a défendu son bilan, mettant en avant l'amélioration des infrastructures, en particulier des routes, dans un pays où la moitié des habitants vit sous le seuil de pauvreté.
"Nous avons mis le Malawi sur le chemin du progrès", a-t-il affirmé lors de sa dernière réunion publique de campagne samedi à Blantyre (sud).
Il a promis de "faire du Malawi un pays meilleur d'ici cinq ans". "L'opposition n'a aucune raison de me critiquer. Pas une seule", a-t-il assuré.
- "Nouvelle vie” -
Mais Lazarus Chakwera, à la tête du parti du Congrès du Malawi (MCP) de l'ex-dictateur Hastings Banda (1964-1994), et le vice-président Chilima, chef d'une toute nouvelle formation, le Mouvement uni de transformation (UTM), ont dénoncé la corruption qui a entaché sa présidence.
Peter Mutharika, qui s'était engagé à lutter contre ce fléau à son arrivée au pouvoir, s'est lui-même retrouvé impliqué dans un scandale de pots-de-vin à la suite de l'attribution d'un contrat de millions de dollars à la police.
"Nous devons mettre fin à la corruption", a insisté pendant la campagne Lazarus Chakwera, qui a reçu le soutien de poids de l'ex-présidente Joyce Banda (2012-2014).
"Nous avons fait une campagne formidable (...) Nous sommes très confiants", a-t-il affirmé mardi après avoir voté dans une école de Lilongwe.
"Il y aura un décompte des voix de sorte que personne ne pourra gâcher le vote des électeurs", a assuré l'ancien pasteur évangéliste de 64 ans.
Il était arrivé deuxième du scrutin en 2014, avec 450.000 voix de retard seulement sur Peter Mutharika.
Le vice-président Chilima espère de son côté créer la surprise, après avoir claqué la porte l'an dernier du Parti démocratique progressiste (DPP) au pouvoir.
"Aujourd'hui marque un nouveau début, une nouvelle vie pour le Malawi", a-t-il lancé mardi après avoir accompli son devoir électoral à Lilongwe.
A 46 ans, il compte séduire une partie de la jeunesse, au fort poids électoral : les moins de 35 ans représentent plus de la moitié des électeurs.
- Pompes et rap -
En campagne, il n'a pas hésité, pour témoigner de sa forme, à enchaîner en plein meeting des pompes sur scène. Sa femme l'a soutenu avec un clip de rap.
A la mi-journée mardi, l'organisation Nice, qui veille au bon déroulement des élections, a fait état de longues files d'attente devant les trois-quarts des bureaux de vote, ce qui "suggère un enthousiasme de la part des électeurs à (...) choisir leur responsables politiques."
"Notre principal problème est la faim et j'espère que le prochain président fera en sorte qu'on ait tous à manger", a déclaré une électrice de 90 ans, Alice Safarao.
Flora Malewa, commerçante de 25 ans, a choisi de reconduire le sortant. Peter Mutharika "a fait du bon boulot et il n'y a absolument aucune raison de le remplacer".
Pour cette présidentielle à un seul tour, "la course est incertaine compte tenu de la fragmentation des partis politiques", a estimé Michael Jana, professeur de science politique à l'université sud-africaine de Witwatersrand.
"Que se passera-t-il en cas de victoire avec une très faible avance ?", s'inquiète Dan Banik de l'université du Malawi. "Les perdants accepteront-ils la défaite ?"
Le président Mutharika a en tout cas assuré que "la paix prévaudrait jusqu'à la fin du processus électoral".
