Au pouvoir depuis près de trois ans, M. Thabane, 80 ans, est en difficulté depuis qu'il a été mis en cause, au début de l'année, dans le meurtre de son ex-femme en 2017.
Pressé par son propre parti et sa coalition gouvernementale de démissionner, il a longtemps résisté et ne s'était engagé à quitter ses fonctions que "d'ici à la fin juillet". Mais ses soutiens lui ont officiellement retiré leur confiance lundi à l'Assemblée nationale.
Le Parlement doit se réunir le 22 mai pour approuver la nomination d'un nouveau Premier ministre, l'actuel ministre des Finances Moeketsi Majoro.
"Je vais aller voir (le roi) et l'informer que je m'en vais", a déclaré Thomas Thabane mardi lors d'un entretien téléphonique accordé à l'AFP. "Je pense que (la lettre de démission) sera devant lui demain (mercredi). Une fois que je lui aurai parlé, j'informerai mes collègues".
Le chef du gouvernement a également indiqué qu'il était prêt à partir et qu'il travaillait encore à régler quelques détails en vue d'une retraite "aussi douce que possible".
Il a toutefois refusé de fixer une date de départ précise.
"Je dois encore m'occuper de quelques détails de façon à pouvoir donner une information précise à ce sujet", a indiqué le Premier ministre, "je ne veux en aucun cas aller jusqu'au terme de mon mandat (en 2022), mais me retirer".
Enclavé au milieu de l'Afrique du Sud, le Lesotho a connu depuis son indépendance en 1966 une histoire politique instable rythmée de coups d'Etat militaires.