Au terme de deux jours de dépouillement, M. Masisi, 58 ans, a été déclaré élu pour un mandat de cinq ans dès la confirmation que son Parti démocratique du Botswana (BDP) avait obtenu la majorité absolue des 57 sièges du Parlement.
"Moi, Terrence Rannowane (...) j'ai l'honneur de déclarer à la nation du Botswana et au monde que le Dr Mokgweetsi Eric Keabetswe Masisi est élu président de la république du Botswana", a déclaré le "chief justice".
La Coalition pour un changement démocratique (UDC), le principal parti d'opposition, a d'emblée rejeté ces résultats, arguant de "fraudes massives".
"Je pense que ces élections sont frauduleuses et que le résultat annoncé ne mérite aucun respect", a réagi auprès de l'AFP le chef de l'UDC, Duma Boko. "Nous pensons que le parti au pouvoir a délibérément orchestré un vol du scrutin parce qu'il s'est rendu compte qu'il était en difficulté".
Dans le rapport préliminaire de sa mission d'observation, la Communauté de développement de l'Afrique australe (SADC) s'est réjoui à l'inverse que les élections avaient été "bien organisées et conduites dans un climat pacifique et libre".
"Ceci a permis aux électeurs de se prononcer de façon transparentes", a insisté la SADC.
Agé de 58 ans, M. Masisi dirigeait le pays depuis avril 2018 et la démission de Ian Khama, conformément à la Constitution du pays qui limite à dix ans le mandat des chefs de l'Etat.
A la tête du pays depuis son indépendance en 1966, le parti du président sortant était pour la première fois menacé de perdre sa majorité au Parlement lors de ce scrutin à cause des critiques lancées par son prédécesseur.
- Dérive autoritaire -
Quelques mois après sa retraite, M. Khama a reproché à son successeur de revenir sur certaines de ses décisions emblématiques, comme l'interdiction de la chasse aux éléphants sauvages, et il l'accuse depuis de dérive autoritaire.
"Nous avons des dirigeants devenus ivres de pouvoir", avait-il expliqué quelques jours avant le scrutin dans un entretien accordé à l'AFP. "Notre démocratie est menacée par un tsunami de la même veine que ce que fait (le président américain Donald) Trump dans son pays".
Résolu à lui faire mordre la poussière, M. Khama a claqué la porte du BDP, créé un nouveau parti qui a présenté des candidats aux législatives et appelé à voter pour l'opposition.
Cette guerre des chefs a fragilisé la position du parti au pouvoir, en perte de vitesse depuis les élections générales de 2014 où il réalisé le plus mauvais score de son histoire en tombant sous la barre symbolique des 50% des voix.
M. Masisi s'était toutefois déclaré persuadé de l'emporter. "On doit gagner", avait-il déclaré mercredi en votant dans son village natal de Moshupa (sud), "j'en suis aussi sûr que le soleil se lève à l'est et se couche à l'ouest".
Ni lui, ni son parti n'ont réagi immédiatement à l'annonce de sa victoire.
Jusque-là cantonnée dans l'opposition, la coalition UDC espérait tirer les marrons du feu des divisions au sein du BDP. Elle a fait campagne en promettant de développer l'économie du pays et de créer au moins 100.000 emplois.
Avec un produit intérieur brut (PIB) par habitant de plus de 8.000 dollars largement nourri par ses diamants, le Botswana est un des pays les plus riches du continent. Mais il est aussi un des plus inégalitaires, avec un taux de chômage de 18%.
Le dépouillement des suffrages se poursuivait dans les circonscriptions législatives dont les résultats n'ont pas encore été confirmées par la Commission électorale (IEC). Ils devaient être rendus publics plus tard dans la journée.
Les partis ou leurs candidats disposeront ensuite de trente jours pour les contester.