La libération intervient alors que le gouvernement de transition cherche à pacifier le Darfour à la suite d'un accord de paix en octobre avec des groupes rebelles visant à mettre fin à des décennies de conflit dans cette vaste région de l'ouest du pays.
"Moussa Hilal a été libéré avec d'autres (miliciens). Ils sont en train de rentrer chez eux", a indiqué à l'AFP un de ses conseillers, Ismail Aghbash.
Sa force, "Awakening Revolutionary Council", a confirmé ces libérations, faisant état d'une "grâce présidentielle".
Les autorités n'ont pas commenté dans l'immédiat cette annonce.
Pendant les premières années du conflit au Darfour qui a éclaté en 2003, les puissantes et redoutées milices Janjawids dirigées par M. Hilal ont combattu les rebelles aux côtés des forces gouvernementales.
Mais en 2014, le chef milicien s'est brouillé avec le gouvernement d'Omar el-Béchir après l'avoir accusé de chercher à saper les relations entre les tribus du Darfour-Nord, dont il est originaire.
Il avait été arrêté en 2017 après des affrontements meurtriers dans cette province entre les Janjawids et les Forces de soutien rapides (RSF), un groupe paramilitaire.
Il figure depuis 2006 sur la liste des personnes visées par des sanctions de l'ONU en raison d'allégations de violations des droits humains et d'autres atrocités de masse contre des civils au Darfour.
Le conflit dans cette région avait éclaté en 2003 entre des forces du régime de Béchir, destitué en avril 2019 sous la pression de la rue, et des membres de minorités ethniques s'estimant marginalisées.
Les violences avaient fait quelque 300.000 morts et plus de 2,5 millions de déplacés, essentiellement durant les premières années du conflit, selon l'ONU.
Ces derniers mois, de nouveaux affrontements tribaux y ont fait plus de 250 morts.
Ces violences ont coïncidé avec la fin d'une longue mission de maintien de la paix conjointe de l'ONU et de l'Union africaine dans la région fin décembre.
Depuis la destitution d'Omar el-Béchir, le Soudan est dirigé par un gouvernement de transition qui cherche à tourner la page des conflits internes.
L'ancien président Béchir est lui-même accusé par la Cour pénale internationale (CPI) de génocide et de crimes de guerre au Darfour.