Le président du Comité de coordination des redéploiements, le général danois Michael Lollesgaard, a salué le transfert de "la sécurité des ports à la garde côtière", selon un communiqué officiel.
"Il reste encore beaucoup de travail à faire pour éliminer les signes (de présence militaire), mais la coopération a été très bonne", a-t-il toutefois estimé.
Les Houthis avaient annoncé samedi le début de leur retrait des ports de Hodeida, Salif et Ras Issa, au centre d'un bras de fer depuis 2018 avec la coalition progouvernementale soutenue par Ryad et Abou Dhabi.
Les forces loyalistes avaient toutefois aussitôt dénoncé une "manipulation", accusant les Houthis de remettre le contrôle à des gardes-côtes qui leur sont favorables.
L'ONU n'a fourni aucune indication sur la composition de cette "garde côtière".
Le redéploiement dans cette région stratégique de Hodeida a fait l'objet d'un accord lors de pourparlers tenus en décembre en Suède sous l'égide de l'ONU.
Annoncé à plusieurs reprises par les Nations unies, notamment en février et en avril, le retrait effectif des belligérants a tardé à être mis en oeuvre, inquiétant la communauté internationale.
Le port de Hodeida est crucial pour les importations et l'aide humanitaire internationale au Yémen, dont certaines régions sont au bord de la famine.
L'accord de désengagement à Hodeida constitue la meilleure chance à ce jour de faire progresser la paix au Yémen, où un conflit meurtrier se poursuit depuis plus de quatre ans, ont souligné des experts.
Samedi, la Mission des Nations unies chargée de soutenir l'accord de Hodeida avait indiqué que l'ONU procèderait à une "vérification formelle" de ce premier redéploiement ce mardi.
Le Conseil de sécurité de l'ONU doit lui se pencher sur la question de Hodeida mercredi à New York.
Le conflit au Yémen a tué des dizaines de milliers de personnes, dont de nombreux civils, selon diverses organisations humanitaires.
