L'exécutif bruxellois a envoyé à ces trois pays des "lettres mises en demeure", qui constituent la première phase de procédures d'infraction pouvant aller jusqu'à des saisines de la Cour européenne de Justice de l'UE.
Il estime que ces trois pays ne mettent pas correctement en oeuvre leur obligation de relever les empreintes des demandeurs d'asile et des migrants irréguliers, puis de les transmettre au système central "Eurodac" dans les 72 heures.
La Commission "avait envoyé des lettres administratives à ces trois Etats membres en octobre dernier. Deux mois plus tard, les problèmes n'ont pas été résolus de manière efficace", a-t-elle estimé dans un communiqué.
Après une mise en demeure, les pays visés disposent de deux mois pour répondre.
Selon les règles européennes, ce sont les pays de première arrivée des demandeurs d'asile qui ont l'obligation d'enregistrer les arrivants et de traiter leur demande.
Pour soulager la Grèce et l'Italie, soumises à un afflux exceptionnel, l'UE a mis en place un système de "relocalisation", prévoyant une répartition au sein de l'UE de ces demandeurs d'asile. Elle leur demande en contrepartie un enregistrement rigoureux des demandeurs d'asile.
Mais cette répartition tarde à se concrétiser sur le terrain en raison notamment du peu d'empressement des Etats membres à proposer des places disponibles. Dans le même temps, certains de ces Etats reprochent à Rome et à Athènes de ne pas être assez rigoureux dans les procédures d'enregistrement.
Outre la question des réfugiés, les données "Eurodac" doivent également contribuer à la lutte contre le terrorisme et les formes graves de criminalité, fait valoir la Commission.
Bruxelles avait déjà lancé fin septembre 40 procédures d'infraction contre des Etats membres, s'ajoutant à 34 autres affaires déjà en cours, concernant la législation européenne en matière d'asile.
Avec AFP