La présidence nigériane a annoncé qu'Ibrahim Lamorde partait en "retraite anticipée avant la fin officielle (en février 2016) de son contrat" en tant que président de l'EFCC.
"Le président Muhammadu Buhari a approuvé la nomination de M. Ibrahim Mustafa Magu en tant que président par intérim", a indiqué le porte-parole de la présidence, Femi Adesina, dans un communiqué.
En août, M. Lamorde a démenti des allégations selon lesquelles cinq milliards de dollars (4,65 milliards d'euros) auraient disparu à l'EFCC, qualifiant ces accusations de campagne de diffamation menée par un homme politique sur lequel enquêtait la Commission.
Le président Buhari, qui a pris ses fonctions fin mai, a fait de la lutte contre la corruption, un mal endémique au Nigeria, une des priorités de son mandat. Plusieurs ministres et autres responsables politiques ont été interrogés ou inculpés dans ce cadre.
Plus tôt dans la journée de lundi, un ancien ministre qui avait perturbé l'annonce du résultat des élections du début de l'année au Nigeria a été accusé de corruption passive et de fausse déclaration de patrimoine devant un tribunal anticorruption d'Abuja.
Godsday Orubebe, ministre du Delta du Niger, le sud pétrolier du Nigeria, sous le président Goodluck Jonathan, est accusé d'avoir omis de déclarer deux biens en sa possession au moment où il a pris ses fonctions, en juin 2011.
Il est aussi accusé d'avoir reçu 70 millions de nairas (350.000 dollars, 328.000 euros) de pots-de-vin, selon l'audience devant le Tribunal du code de conduite à Abuja - tribunal spécial chargé de juger les dossiers de fausses déclarations de patrimoine et de revenus.
M. Orubebe a plaidé non coupable et le dossier a été ajourné au 26 novembre.
Le ministre du Delta du Niger est chargé du développement de cette région où, malgré l'industrie pétrolière, la plupart des habitants vivent dans la pauvreté.
L'ancien ministre âgé de 56 ans avait provoqué un vif émoi aux élections du 28 mars au cours desquelles le président Jonathan et son parti, le PDP, avaient été battus par l'opposition et son candidat Muhammadu Buhari.
M. Orubebe avait accusé le chef de la commission électorale Attahiru Jega de partialité lorsqu'une partie des résultats avait été contestée par le PDP. Il avait entrepris de protester en direct devant les caméras de télévision.
En outre, l'ex-conseiller à la sécurité nationale du Nigeria sous la présidence de Goodluck Jonathan, Sambo Dasuki, a demandé lundi au juge d'une Haute cour d'ordonner à la police secrète de quitter sa demeure d'Abuja.
M. Dasuki, poursuivi pour blanchiment d'argent et possession illégale d'armes à feu, a été autorisé la semaine dernière à récupérer son passeport pour se recevoir des soins médicaux à l'étranger.
Mais son départ a été, affirme-t-il, empêché par l'arrivée à son domicile de membres des services secrets (Department of State Services, DSS). M. Dasuki estime que sa vie est en danger.
Le DSS a nié ces affirmations, déclarant que la présence de ses agents était liée à la non-comparution de M. Dasuki devant un comité chargé d'enquêter sur une vente d'armes de plusieurs milliards de dollars au cours de son mandat.
Avec AFP