Plus d'un tiers des résultats ont été publiés par la Commission électorale (Ceni) à la mi-journée.
La mission d'observation de la CEN-SAD a "exhorté tous les candidats en lice à respecter les résultats issus des urnes et à recourir aux procédures et aux voies légales pour le règlement de tout contentieux", lors d'une conférence de presse.
Le scrutin s'est déroulé selon elle dans "des conditions satisfaisantes".
Il a néanmoins été endeuillé dimanche par la mort d'au moins huit agents électoraux, dont sept dans la région de Tillabéri (ouest, frontalière du Mali et du Burkina Faso dans la zone dite des "trois frontières") et un dans la région de Diffa (sud-est frontalier du Nigeria).
La sécurité des opérations électorales étaient le grand défi du scrutin de dimanche, comme le sera l'acceptation par les deux camps des résultats le jour de leur proclamation provisoire par la Commission électorale ou définitive par la Cour constitutionnelle.
Les résultats de 96 communes ont déjà été publiés par la Ceni sur 266, donnant pour l'instant le candidat d'opposition Mahamane Ousmane en avance d'une courte tête sur le favori Mohamed Bazoum (752.430 voix contre 690.027), sans que ces résultats soient pour l'instant significatifs.
7,4 millions d'électeurs étaient appelés aux urnes dimanche.
La Ceni publie au compte-gouttes les résultats, avant de proclamer les résultats provisoires.
La Cour constitutionnelle proclamera ensuite les résultats définitifs, pas attendus avant plusieurs semaines.
Entre les deux tours, l'opposition a déclaré qu'elle ne reconnaîtrait pas les résultats si elle les estimait entachés de fraude.
Après le premier tour, l'opposition avait dénoncé de présumées fraudes et déposé des recours à la Cour constitutionnelle. Ils avaient été déboutés.
Bazoum avait récolté 39,3% des voix au premier tour le 27 décembre, et Ousmane presque 17%.
Les deux candidats ont tissé des alliances durant l'entre deux-tours, donnant mathématiquement Bazoum gagnant si toutefois le report de voix des partis alliés est effectif, ce qui n'est pas acquis selon plusieurs observateurs.