Le tremblement de terre s'est produit vers 17H40 GMT (19H40 locales) à 238 kilomètres au nord-ouest de la capitale, Gaborone, et à 11 kilomètres de profondeur, a précisé l'USGS.
Le bilan d'éventuels dégâts n'était pas encore connu lundi soir.
Plusieurs témoins ont également affirmé avoir ressenti le séisme dans plusieurs villes d'Afrique du Sud, mais aussi du Swaziland et du Zimbabwe, à des centaines de kilomètres de l'épicentre.
"Tout mon lit s'est mis à trembler, c'était très effrayant, je ne savais pas ce qu'il se passait", a déclaré une résidente de Durban, dans le sud de l'Afrique du Sud, à l'agence News24.
Plus tôt, lundi, une secousse plus légère, de magnitude 4,6 avait été enregistrée dans le nord-ouest de l'Afrique du Sud.
