"J'ai reçu des comptes-rendus sur la situation des institutions d'Etat qui nourriront les décisions que je vais prendre pour m'assurer que ces institutions ont les moyens de mettre un terme aux anomalies et mauvaises pratiques en cours", a déclaré M. Chakwera dans une déclaration publiée mardi soir.
Un total de 60 entités publiques sont visées par la mesure présidentielle, dont les compagnies pétrolière et d'électricité, les universités ou la radiotélévision.
"Le président veut s'assurer que toutes respectent la loi et les bonnes pratiques de gouvernance", a expliqué à l'AFP son porte-parole, Sean Kampondeni.
A la tête du principal parti d'opposition, M. Chakwera a remporté l'élection présidentielle disputée le 23 juin avec 58,5% des suffrages, largement devant le chef de l'Etat sortant Peter Mutharika.
Ce scrutin a été organisé après l'annulation pour fraudes de la réélection de M. Mutharika l'an dernier.
Le nouveau chef de l'Etat a fait campagne en dénonçant la corruption de l'ancien régime et sa faillite économique.
Selon l'analyste Henry Chingaipe, l'ex-président Mutharika a attribué la direction des entreprises publiques à de nombreux proches de son parti en remerciement de leur soutien politique.
"La plupart des nominations n'ont pas tenu compte du mérite. C'était un système de patronage destiné à assurer la pérennité de son régime", a-t-il ajouté, "les nouvelles nominations devront montrer que ces entreprises seront désormais gérées conformément à la loi".
Dans la même veine, la présidence a en outre annoncé mercredi la suspension des contrats publics "afin de vérifier qu'il n'ont pas nourri la corruption et qu'ils ont été attribués selon les règles".
M. Mutharika avait été accusé en 2018 d'avoir touché pour 195.000 dollars de pots-de-vin de la part d'une entreprise qui avait remporté un marché public, mais il n'a jamais été formellement poursuivi.
Il était arrivé au pouvoir lors de l'élection présidentielle de 2014, succédant à Joyce Banda, elle aussi mise en cause dans un scandale de corruption. Mme Banda est aujourd'hui un des soutiens de M. Chakwera.
Le Parlement a par ailleurs adopté mardi un budget provisoire qui prévoit notamment une hausse du salaire mensuel minimum de 35.000 à 50.000 kwachas (de 46 à 70 dollars américains).