Ahmed Madobe a obtenu 56 voix de parlementaires sur 74, "faisant de lui le président de l'administration du Jubaland pour les quatre prochaines années", a déclaré Cheikh Abdi Mohamed, le président du Parlement régional.
Les autorités fédérales avaient annoncé qu'elles ne reconnaîtraient pas le résultat de ce scrutin. Elles reprochent à M. Madobe d'avoir interféré dans la constitution, la semaine dernière, du nouveau Parlement, qu'elles jugent donc non représentatif.
Mogadiscio est a contrario accusé par le Jubaland de vouloir évincer M. Madobe, pour favoriser l'accession au pouvoir d'un président loyal au gouvernement fédéral, dans cette région stratégique autour de la ville portuaire de Kismayo.
Des rivaux de M. Madobe, soutenus par Mogadiscio et dont la candidature avait été rejetée par la commission électorale, ont mené une élection parallèle jeudi, après avoir formé leur propre Parlement.
Abdirashid Hidig, un homme politique de renom, membre du Parlement fédéral, est sorti vainqueur de cette élection.
"Nous sommes l'un des États membres de la Somalie et nous avons besoin du soutien du gouvernement fédéral pour le développement de notre économie, la reconstruction et la sécurité", a déclaré M. Hidig.
Ce scrutin pour la présidence de cet État semi-autonome avait été reporté à plusieurs reprises à cause, selon les analystes, d'une lutte de pouvoir entre Mogadiscio, le gouvernement régional et leurs soutiens étrangers.
Ahmed Madobe, un ancien seigneur de guerre, avait chassé en 2012 avec l'aide de troupes kényanes les islamistes shebab, affiliés à Al-Qaïda, de leur bastion de Kismayo, la capitale régionale.
Selon Matt Bryden, du centre d'analyse Sahan, basé à Nairobi, le Kenya continue à soutenir fermement Madobe, tandis que l'Éthiopie est aux côtés des autorités de Mogadiscio pour l'évincer.
D'après lui, il existe "un risque pour la stabilité de la région, pas seulement de la Somalie".
Le Kenya considère le Jubaland, une région relativement prospère de Somalie où il a beaucoup de troupes, comme une zone-tampon entre son territoire et les shebab qui ont mené plusieurs attaques sanglantes sur son sol.
Les autorités du Jubaland avaient ordonné la fermeture des frontières de l'État et de l'aéroport de Kismayo jusqu'à vendredi. La situation dans la ville, fortement sécurisée, était calme jeudi à la mi-journée, a indiqué à l'AFP un habitant, Muktar Farah.