L'incident s'est produit mercredi alors qu'un convoi de fournisseurs, constitué de civils, s'est arrêté pour un contrôle de sécurité de routine au niveau du camp.
"Malheureusement, un des soldats qui menaient le contrôle a tiré accidentellement sur un conducteur, qui a été tué, et deux autres personnes ont été blessées", selon le communiqué de l'Amisom.
L'Amisom a décidé d'ouvrir une enquête.
En juillet, l'Amisom avait déjà ouvert une enquête à la suite d'un incident impliquant des soldats de son contingent éthiopien, accusés d'avoir tué au moins 14 civils dans un village du sud de la Somalie.
L'Amisom avait déclaré que ces civils avaient été tués pendant un affrontement entre ses troupes et les insurgés islamistes shebab à Wardinle, dans la région de Bay.
Des témoins avaient cependant affirmé qu'il n'y avait pas eu de combats entre l'Amisom et les shebab.
Et en avril, quatre civils avaient été tués par des soldats qui les avaient pris pour des combattants du mouvement shebab, affilié à Al-Qaïda.
Le gouvernement somalien est soutenu par la force de l'Union africaine depuis 2007. Elle avait chassé les shebab de Mogadiscio en août 2011.
Ces derniers contrôlent toujours de vastes zones rurales d'où ils mènent des opérations de guérilla et des attentats-suicides, souvent jusque dans la capitale ou contre des bases de l'Amisom.
Avec AFP