Au total, 588 parlementaires - issus du parti présidentiel et d'anciennes factions rebelles signataires de l'accord - ont participé à une cérémonie à Juba, la capitale.
La prestation de serment de ce nouveau Parlement intervient avec près d'une année de retard sur le calendrier et reste incomplète, car 62 parlementaires étaient absents lundi, certains en raison de désaccords avec le gouvernement.
"C'est seulement à travers l'objectif commun et l'amour des autres que nous faisons progresser notre pays et sécurisons le futur pour la jeune génération", a déclaré Daniel Awet, un député du parti au pouvoir, le Mouvement de libération du peuple soudanais (SPLM).
Le président Salva Kiir n'a pas participé à la cérémonie.
Fin 2013, deux ans après son indépendance, le plus jeune pays du monde a plongé dans une guerre civile opposant M. Kiir et le leader rebelle Riek Machar, des ennemis jurés, faisant plus de 380.000 morts, quatre millions de déplacés, et ruinant l'économie.
En application de l'accord de paix, MM. Kiir et Machar sont aujourd'hui président et vice-président au sein d'un fragile gouvernement d'union nationale.
La semaine dernière, un mouvement issu de la société civile, nommé Coalition du peuple pour l'action civile (PCCA), a lancé une campagne réclamant le changement après cette décennie marquée par la guerre, la corruption et la pauvreté.
C'est la première fois dans l'histoire du pays qu'une telle initiative est lancée par la société civile.
Lundi, au moins deux figures de cette coalition, l'ancien gouverneur Kuel Aguer Kuel et l'analyste Augustino Ting Mayai, ont été arrêtés à Juba, selon Rajab Mohandis, un autre membre populaire de ce mouvement.