Les deux parties avaient repris lundi les discussions jugées cruciales pour l'avenir du pays, après trois décennies d'un pouvoir sans partage exercé par l'ancien président Omar el-Béchir.
Plus tôt dans la journée, le procureur général soudanais avait annoncé l'inculpation d'Omar el-Béchir, destitué le 11 avril et actuellement emprisonné à Khartoum, pour "le meurtre de manifestants" pendant les protestations contre son régime.
"Des éléments non identifiés qui voulaient saboter les négociations entre les deux parties" ont ouvert le feu devant le QG de l'armée soudanaise, où se tient depuis plus d'un mois un sit-in organisé par les contestataires, tuant un commandant de la police militaire et blessant trois soldats, ainsi que plusieurs manifestants et des civils, a indiqué le Conseil militaire.
Celui-ci a précisé au cours d'une conférence de presse nocturne que "des hommes armés avaient été signalés parmi les protestataires". Selon des sources médicales proches du mouvement de contestation, cinq manifestants ont été tués, dont au moins un devant le QG.
"Au cours de la réunion d'aujourd'hui (lundi), nous nous sommes mis d'accord sur la structure des organes (de transition) et leurs prérogatives", a déclaré à l'AFP un porte-parole des protestataires, Taha Osman.
Ces organes sont un "Conseil souverain, un cabinet et une assemblée législative", a-t-il précisé.
"Les discussions de demain (mardi) vont porter sur la durée de la période de transition et la composition du (nouveau) conseil" et des deux autres organes, a-t-il ajouté.
Le porte-parole du Conseil militaire, le général Chamsedddine Kabbachi, a confirmé les termes de l'accord.
"Nous nous sommes entendus sur la formation des entités de la transition aux niveaux souverain, exécutif et législatif", a-t-il déclaré à la presse.
"Demain, nous allons discuter des pourcentages de représentation (au sein de ces organes) et de la durée de la transition", a-t-il dit.
Jusqu'ici, les deux parties divergeaient notamment sur la composition d'un Conseil souverain appelé à remplacer le Conseil militaire qui a pris le pouvoir après l'éviction de M. Béchir le 11 avril.
L'Alliance pour la liberté et le changement (ALC), fer de lance de la contestation, veut qu'il soit dominé par les civils tandis que l'armée cherche à ce qu'il comprenne une majorité de militaires.
Les généraux souhaitent une période de transition de deux ans, tandis que les protestataires veulent que cette période s'étende sur quatre ans.
Les militaires voulaient en outre garder la Charia (loi islamique) comme source de la législation pendant la période de transition.
- "Accélération des enquêtes" -
Maître du Soudan pendant près de 30 ans, le président Béchir a été destitué à l'issue d'une série de manifestations populaires qui ont débuté le 19 décembre, après la décision du gouvernement de tripler le prix du pain dans un pays à l'économie exsangue.
"Omar el-Béchir et d'autres (personnalités) ont été inculpés pour incitation et participation au meurtre de manifestants", a indiqué lundi le procureur général soudanais dans un communiqué.
Il a recommandé l'"accélération des enquêtes sur les meurtres d'autres manifestants".
Selon une association de médecins proche de l'ALC, 90 personnes ont été tuées par les forces de l'ordre depuis le début des manifestations le 19 décembre. Les autorités parlent quant à elles d'un bilan de 65 morts.
L'ancien chef de l'Etat fait également l'objet de mandats d'arrêt de la Cour pénale internationale (CPI), qui souhaite le voir répondre à La Haye d'accusations de génocide, crimes contre l'humanité et crimes de guerre lors du conflit au Darfour (ouest).
Fin avril, le Conseil militaire de transition, qui l'a remplacé, avait indiqué refuser un transfert vers La Haye, laissant cette éventuelle décision à un futur gouvernement civil.
- "Chaos" -
Les progrès dans les négociations sur le transfert du pouvoir par les militaires intervient alors que la tension est montée dans la capitale Khartoum.
Depuis dimanche soir, des manifestants bloquent une grande artère de la capitale, la rue du Nil, après avoir accusé les militaires d'avoir fermé un pont menant à leur sit-in permanent devant le QG de l'armée.
Lundi, des heurts avaient déjà eu lieu entre forces de l'ordre et manifestants, selon le Comité des médecins, qui a fait état de trois manifestants blessés par balles.
Les paramilitaires de la Force de soutien rapide (RSF) ont dispersé à coups de bâton des manifestants dans plusieurs endroits de Khartoum et démantelé des barricades, selon ce comité.
Dès dimanche, le Conseil militaire a jugé "totalement inacceptable" le blocage de la rue du Nil. "Cela crée du chaos et rend la vie difficile pour les citoyens", avait-t-il déclaré dans un communiqué.
Mais il a démenti des affirmations sur les réseaux sociaux selon lesquelles les forces de sécurité avaient l'intention de disperser le sit-in principal qui se maintient devant le QG de l'armée depuis le 6 avril. "Nous assurons que cela est totalement faux", avait indiqué le Conseil militaire.
Avec AFP