"Neuf soldats héroïques sont tombés en martyrs et quatre ont été blessés dans cet accident", a déclaré le ministère dans un communiqué, précisant que celui-ci s'était produit dans la région de Bitlis.
Le ministère de la Défense a ensuite indiqué que deux autres militaires avaient succombé à leurs blessures.
Selon un député du parti au pouvoir AKP, Tolga Agar, le général Osman Erbas, qui commande la huitième armée, figure parmi les morts.
Selon le ministère de la Défense, l'appareil, un Cougar fabriqué par Airbus, a décollé de la ville de Bingöl pour se rendre à Tatvan peu avant 11H00 GMT, puis a disparu des radars une demi-heure plus tard.
Les autorités sont parvenues à localiser le lieu du drame après avoir déployé des drones, un avion de reconnaissance et un autre hélicoptère.
Les raisons de l'accident n'ont pas été précisées dans l'immédiat, mais d'après des images diffusées par les chaînes de télévision turques, la région où celui-ci s'est produit était baignée dans un épais brouillard.
"Notre douleur est grande", a réagi Ibrahim Kalin, le porte-parole du président Recep Tayyip Erdogan.
L'ambassade des Etats-Unis à Ankara a fait part sur Twitter de ses "sincères condoléances". "Nos pensées vont aux familles des victimes. Nous souhaitons un prompt rétablissement aux blessés", a-t-elle ajouté.
"Nous partageons la profonde tristesse de la Turquie", a déclaré l'ambassadeur de l'Union européenne en Turquie Nikolaus Meyer-Landrut dans un communiqué.
Selon une source diplomatique turque, le secrétaire général de l'Otan Jens Stoltenberg a présenté ses condoléances au ministre turc des Affaires étrangères Mevlut Cavusoglu, et l'a assuré de "la solidarité" de l'Alliance avec la Turquie.
Les ministres turcs de la Défense et de l'Intérieur devaient se rendre sur les lieux de l'accident dans la soirée, selon les médias turcs.
L'armée turque mène régulièrement des opérations dans le sud-est de la Turquie contre le Parti des travailleurs du Kurdistan (PKK), un groupe qualifié de "terroriste" par Ankara et ses alliés occidentaux.
En 2017, un hélicoptère militaire, également de type Cougar, s'était écrasé dans la province de Sirnak, frontalière de la Syrie et de l'Irak, faisant 13 morts.
