Des centaines de migrants pourraient avoir disparu dans le naufrage.
Selon l'Organisation internationale pour les migrations (OIM), le bateau en provenance d'Afrique transportait au moins 700 personnes.
La police portuaire grecque a fait état d'un premier bilan d'au moins quatre morts et 340 rescapés.
Selon une porte-parole, une "importante" opération de sauvetage a été lancée dans la zone située entre les eaux grecques et égyptiennes, à 75 milles au sud de la Crète. Les conditions météorologiques y sont correctes avec un temps beau mais un vent vif.
Les rescapés ont été secourus par cinq bateaux croisant dans la zone, et devraient "logiquement" être acheminés en Crète, a-t-elle précisé.
Selon la police portuaire, l'embarcation, longue de 25 mètres, a été repérée, dans la nuit, à "moitié coulée" par un bateau de passage.
Les garde-côtes italiens ont indiqué avoir été alertés par un navire marchand italien jeudi à 17H15, avisant qu'un bateau de migrants était en difficultés dans une zone située entre les eaux grecques et égyyptiennes. Quatre navires ont répondu à l'alerte des Italiens et se sont déroutés. Vendredi à 07H15, l'un de ces navires a signalé que le bateau avait chaviré.
Aucune indication n'était disponible dans l'immédiat sur la nationalité des migrants.
Les autorités grecques ont dépêché sur place deux patrouilleurs, deux avions et un hélicoptère.
contourner l'Otan
La police portuaire avait déjà intercepté le 27 mai au large des côtes de la Crète une vedette dirigée par deux passeurs présumés, un Ukrainien et un Égyptien, transportant 65 Syriens, Afghans et Pakistanais.
La police portuaire n'avait pas précisé si le bateau, parti de Turquie selon ses passagers, était en route vers l'Italie, ou avait choisi cet itinéraire pour gagner la Grèce en évitant les patrouilles de l'Otan.
Le dernier naufrage pourrait indiquer que les passeurs cherchent d'autres voies pour contourner la force navale de l'Otan déployée plus au nord-est, entre les côtes turques et les îles grecques toutes proches notamment de Lesbos et Chios.
C'est par cet étroit bras de mer que des centaines de milliers de réfugiés et migrants avaient rallié l'Europe en 2015 et début 2016.
Depuis le début de l'année, 366 personnes, surtout des enfants, s'y sont noyées. Le dernier naufrage meurtrier, qui a fait cinq victimes, quatre femmes et un enfant, remonte à début avril au large de l'île de Samos.
Mais les traversées dans cette zone se sont taries après le déploiement allié et l'entrée en vigueur le 20 mars de l'accord UE-Turquie.
Ce pacte prévoit une lutte renforcée d'Ankara contre le trafic de migrants au départ des côtes turques, en échange d'un soutien politique et financier européen. Il ouvre aussi au renvoi en Turquie des migrants arrivés en Grèce par cette voie après le 20 mars, y compris des demandeurs d'asile syriens.
Avant l'exode vers les îles grecques de 2015, plusieurs interceptions et naufrages de bateaux de migrants avaient déjà eu lieu ces dernières années au large de la Crète ou encore plus à l'ouest, au large du Péloponnèse ou en mer Ionienne.
Ces bateaux étaient généralement en route vers l'Italie au départ de la Turquie ou des côtes africaines de la Méditerranée.
Avec AFP