L'homme a été transporté dans un hôpital de campagne français et son pronostic vital est engagé, a précisé la Bundeswehr dans un communiqué.
L'échange de tirs a eu lieu au moment où les soldats allemands revenaient d'une mission de récupération d'un transport de troupes à 50 km de leur base, à Gao, dans l'ouest du Mali.
"Un convoi allemand a essuyé des tirs dans le noir, la situation était incertaine", a déclaré un porte-parole des opérations à Potsdam. Les soldats allemands ont répliqué aux tirs d'armes légères et sont rentrés ensuite dans leur camp, selon la Bundeswehr.
C'est seulement ensuite qu'on s'est rendu compte qu'il y avait eu un échange de tirs entre les forces maliennes et les forces allemandes, selon le communiqué.
"Un soldat malien a été blessé et transporté à l'hôpital de campagne français par les forces allemandes", selon l'armée.
Un millier de soldats allemands sont présents au Mali dans le cadre de la Mission de l'ONU (Minusma).
Quelque 15.000 casques bleus se trouvent sur place depuis la signature d'un accord de paix en 2015 entre le gouvernement et des groupes armés.
L'opération de la Minusma est la plus coûteuse en vies humaines des actuelles opérations de maintien de la paix de l'ONU, avec près de 180 morts, dont une centaine dans des actes hostiles, soit plus de la moitié des Casques bleus tués dans le monde depuis cinq ans.
Le mois dernier, 11 casques bleux tchadiens ont été tués au cours de l'engagement le plus grave pour les forces de l'ONU.