M. Issoufou doit séjourner vendredi et samedi dans la capitale burkinabè où il rencontrera notamment le chef de la junte, le lieutenant-colonel Paul-Henri Sandaogo Damiba, selon la présidence du Faso.
Il est accompagné par le président de la Commission de la Communauté des Etats d'Afrique de l'ouest (Cédéao), Jean-Claude Kassi Brou et par le commissaire Paix et sécurité de l'organisation sous-régionale, Francis Béhanzin.
Ils auront notamment une séance de travail avec le Premier ministre burkinabè Albert Ouédraogo et le président de l'Assemblée législative de transition Aboubacar Toguyeni.
Le Burkina Faso a fixé à trois ans la durée de la transition, après la prise du pouvoir fin janvier par l'armée, avant l'organisation d'élections.
La junte invoque la gravité de la crise sécuritaire à laquelle le pays est confronté, avec des attaques jihadistes récurrentes.
La Cédéao avait demandé fin mars au Burkina de donner un nouveau calendrier "raisonnable" de la transition d'ici le 25 avril, mais Ouagadougou a demandé un délai supplémentaire.
A la demande de la junte, l'organisation ouest-africaine avait dépêché fin mai une mission de trois jours pour évaluer la situation au Burkina.
A l'issue d'un sommet début juin, la Cédéao avait exprimé son "inquiétude" devant les 36 mois de transition prévues, mais aussi "de graves inquiétudes devant la détérioration de la situation humanitaire".
Elle avait maintenu la suspension du Burkina de tous ses organes et annoncé la nomination de l'ancien président du Niger Mahamadou Issoufou comme médiateur.
Le Burkina Faso est pris depuis 2015 dans une spirale de violences attribuées à des mouvements armés jihadistes, affiliés à Al-Qaïda et au groupe Etat islamique qui ont fait plus de 2.000 morts et 1,9 million de déplacés.
Le lieutenant-colonel Damiba a renversé Roch Marc Christian Kaboré, accusé d'avoir été incapable d'enrayer la violence jihadiste, et a fait du rétablissement de la sécurité sa "priorité".
Mais les attaques n'ont pas cessé et le week-end dernier 86 civils ont été tués dans la ville de Seytenga (nord), l'un des pires massacres dans l'histoire du pays.