Des centaines de demandeurs d'asile campaient devant les locaux du Haut-commissariat aux réfugiés des Nations unies (HCR) dans la capitale Pretoria et dans la ville côtière du Cap (sud-ouest) depuis le 8 octobre.
Au Cap, les manifestants ont envahi les locaux abritant les bureaux de l'ONU, ce qui a conduit le propriétaire à réclamer leur évacuation.
"Environ 100 personnes qui n'ont pas tenu compte de l'appel à la dispersion ont été arrêtées", a déclaré la police dans un communiqué, expliquant exécuter "une décision de justice d'évacuer environ 300 réfugiés et demandeurs d'asile qui ont occupé l'immeuble".
La police a ensuite annoncé que les personnes arrêtées avaient été remises en liberté sans poursuites.
Les étrangers, pour la plupart originaires d'autres pays africains, affirment subir des mauvais traitements et faire l'objet de discriminations.
Ils ont demandé à l'ONU de les transférer vers un autre pays, affirmant ne plus se sentir en sécurité en Afrique du Sud après une recrudescence des attaques xénophobes en septembre.
Des affrontements ont éclaté avec la police lorsque les manifestants ont refusé de quitter l'immeuble de bureaux de 12 étages, situé dans le quartier des affaires, dans le centre du Cap. Ils tapaient sur des casseroles et des bouteilles de plastique aux cris de "gouvernement xénophobe" et "xénophobie policière". "Afrique du Sud, tu tues des réfugiés", pouvait-on lire sur une banderole.
La police a tiré au canon à eau et lancé des grenades incapacitantes pour les disperser.
La situation s'est calmée après les interpellations. L'accès au bâtiment a été interdit et les manifestants ont commencé à déménager leurs affaires vers une église proche.
L'Afrique du Sud abrite 268.000 réfugiés et demandeurs d'asile, selon des chiffres du gouvernement. Ils proviennent pour la plupart de Somalie, d'Ethiopie, du Zimbabwe, du Nigeria et de République démocratique du Congo.
Une vague d'émeutes xénophobes a secoué plusieurs villes sud-africaines en septembre. Des centaines de commerces et de biens appartenant à des étrangers, notamment des Nigérians, ont été saccagés et incendiés, principalement à Johannesburg.
Ces troubles ont causé la mort d'au moins 12 personnes.
Première puissance industrielle du continent, l'Afrique du Sud, qui accueille des millions de migrants, est le théâtre régulier de violences xénophobes, nourries par le fort taux de chômage (29%), la pauvreté et des inégalités criantes.