Mimi Ould Baba, 32 ans, est accusé d'avoir aidé à préparer l'attaque du 15 janvier 2016 contre le café-restaurant Cappucino et l'hôtel Splendid de Ouagadougou.
L'attentat avait fait 30 morts, majoritairement des Occidentaux, dont l'Américain Michael Riddering, qui dirigeait un orphelinat et un centre d'aide pour femmes au Burkina, a rappelé le ministère américain de la Justice dans un communiqué.
Lire aussi : Un des cerveaux de l'attaque de Grand-Bassam impliqué dans l'attaque de OuagadougouL'attaque avait été revendiquée par la branche d'Al-Qaïda au Maghreb islamique (Aqmi) et le groupe Al-Mourabitoune de l'Algérien Mokhtar Belmokhtar.
Mimi Ould Baba est aussi accusé d'avoir participé à la préparation de l'attaque du 13 mars 2016 sur la plage de la populaire station balnéaire de Grand-Bassam, près d'Abidjan en Côte d'Ivoire.
Elle avait fait 19 morts dont quatre Français.
Lire aussi : Sénégal: deux suspects maliens de l'attentat en Côte d'Ivoire arrêtésMimi Ould Baba avait été arrêté en janvier 2017 au Mali par les soldats français déployés dans ce pays, et accusé d'avoir été l'un des "cerveaux" de l'attaque de Grand-Bassam, revendiquée par Aqmi.
Deux mois plus tard, les autorités burkinabés l'avaient identifié également comme le "chef des opérations" de l'attaque de Ouagadougou.
"Nous soutenons pleinement l'enquête malienne et continuerons nos efforts avec les autorités là-bas en vue d'arriver à notre objectif partagé de tenir Baba pour responsable de ses crimes", a déclaré le ministère américain, sans préciser s'il demanderait l'extradition de l'accusé après la procédure malienne.