Le scrutin, pour lequel aucun taux de participation n'était connu à la mi-journée, coïncide avec le premier anniversaire de l'attentat jihadiste contre l'hôtel Radisson Blu de Bamako (20 morts, outre deux assaillants tués).
"Ces élections ont été reportées quatre fois. Cela suffit", a déclaré le président Keïta après avoir voté, saluant "un exercice démocratique".
Le secrétaire général de l'ONU, Ban Ki-moon, a appelé samedi le gouvernement, l'opposition et les groupes signataires de l'accord de paix de mai-juin 2015 à "garantir la tenue, sans incidents, des élections dans les localités où les conditions politiques et sécuritaires permettent leur organisation".
Reconnaissant que "des retards importants dans la mise en oeuvre de dispositions clés de l'accord", notamment la mise en place d'autorités intérimaires dans le Nord, et "la situation sécuritaire dans le nord et certaines parties du centre du pays pourraient compromettre l'organisation du scrutin", il a invité le gouvernement à "apaiser les tensions" qui pourraient en résulter.
Sur le terrain, la situation apparaissait contrastée, avec une faible affluence à Bamako et une série de perturbations dans le nord et le centre du pays, a-t-on appris de sources administratives, et auprès d'habitants.
Le vote n'a pas eu lieu à Kidal (nord-est), bastion de la Coordination des mouvements de l'Azawad (CMA, ex-rébellion), qui a dénoncé l'"entêtement du gouvernement" à l'organiser avant l'installation des autorités intérimaires et le retour de "dizaines de milliers de réfugiés et déplacés qui sont directement concernés".
Dans la région voisine de Gao, les élections ne se tenaient que dans une partie des communes.
A Tombouctou (nord-ouest), où du matériel électoral a été enlevé et brûlé au cours d'attaques distinctes, y compris dimanche, si le vote se déroulait normalement en ville, il ne se tenait pas en revanche dans la plupart des communes de la région.
"Les populations sortent massivement. Il y avait des inquiétudes, mais tout va bien jusqu'ici", a déclaré à l'AFP Oumar Moussa, habitant de Sareykeyna, un quartier populaire de Tombouctou.
Dans le centre du pays, où l'affluence était généralement faible, le dispositif sécuritaire a été renforcé dans plusieurs localités.
Un candidat d'un petit parti d'opposition a été enlevé samedi matin à Koro (centre), a indiqué le chef du parti, Mamadou Sidibé, précisant que "la voiture de Saibou Barry a été retrouvée brûlée et lui-même a été conduit vers une destination inconnue".
Officiellement, seules 15 des 703 communes du pays ne comportent pas de listes, dans le nord-est du pays.
Avec AFP