Un train de marchandises et un train de passagers sont entrés en collision, selon un communiqué du ministère.
Le premier bilan de 10 morts et 15 blessés a été revu à la hausse -12 morts et 39 blessés-, par le porte-parole de ce ministère, Khaled Mehaged, s'exprimant à la télévision d'Etat.
Des ambulances ont immédiatement été dépêchées à Kom Hamada, localité où s'est produit l'accident, avait-il auparavant indiqué dans le communiqué. Les morts et les blessés ont été transportés vers des hôpitaux, d'après le même texte.
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Des images diffusées à la télévision montrent des civils et des ambulanciers tentant de sortir les blessés de la carcasse des trains.
"L'accident s'est produit à environ 12H45" (heure locale, 10h45 GMT), a dit à l'AFP Nadia Abdou, gouverneure d'Al-Bahaira. La cause de l'accident est pour l'instant "inconnue", a-t-elle ajouté.
Mme Abdou a précisé qu'elle n'avait pas connaissance de problème sur les chemins de fer de la région, mais que le sujet relevait de la compétence du ministère des Transport et du président de l'organisme national des chemins de fer, selon elle.
"Tous les blessés et les morts ont été extraits du lieu de l'accident", a pour sa part affirmé à la TV d'Etat un responsable du ministère de la Santé, Alaa Othman.
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Cet accident intervient quelques mois après qu'une collision entre deux trains près d'Alexandrie a fait 41 morts et plus de 120 blessés, en août 2017.
Il s'agit de l'accident ferroviaire le plus meurtrier en Egypte depuis novembre 2012, lorsqu'un train avait percuté un autobus transportant des écoliers. Cet accident avait fait 47 morts.
Vingt-sept personnes, la plupart revenant d'un mariage, avaient aussi été tuées fin 2013 dans un minibus littéralement pulvérisé par un train après que le chauffeur du véhicule eut forcé un passage à niveau, selon le ministère de la Santé.
L'Egypte connaît régulièrement de graves accidents routiers ou ferroviaires dus à une circulation anarchique, des véhicules vétustes, des routes et des voies ferrées mal entretenues et peu surveillées.
La tragédie ferroviaire la plus meurtrière dans l'histoire de l'Egypte s'est produite en 2002, avec l'incendie d'un train qui avait fait quelque 370 morts à une quarantaine de kilomètres au sud du Caire.
Avec AFP