Le ministère a incriminé une frappe israélienne. Interrogée par l'AFP, l'armée israélienne a dit ne "pas avoir connaissance" d'une telle frappe.
Hossam al-Soufi, 24 ans, et Mohammed al-Aqra, 38 ans, ont été tués, et cinq autres personnes blessées par une frappe israélienne du côté égyptien de la frontière, dans le Sinaï, a dit le porte-parole du ministère Achraf al-Qoudra.
Les circonstances de la mort des deux hommes étaient cependant très peu claires.
Les faits sont survenus quelques heures après le tir de plusieurs roquettes mercredi soir à partir du Sinaï, en Egypte, vers la station balnéaire israélienne d'Eilat, sur la mer Rouge.
Le Sinaï est frontalier d'Israël à l'est et de la bande de Gaza sur quelques kilomètres dans l'extrémité nord de la péninsule. Les deux morts palestiniennes sont survenues bien plus au nord que les tirs de roquettes de mercredi soir. Ces roquettes n'ont pas fait de blessé, a dit l'armée israélienne.
Le Sinaï est le théâtre d'affrontements sanglants entre soldats et policiers égyptiens contre des membres de l'organisation appelée Province du Sinaï, la branche égyptienne du groupe jihadiste Etat Islamique (EI).
Israël dénonce par ailleurs les allées et venues de jihadistes et de Palestiniens ainsi que d'armes entre la péninsule et la bande de Gaza, dirigée par l'un de ses grands ennemis, le Hamas islamiste.
Israël riposte systématiquement aux tirs de projectiles en provenance de la bande de Gaza sur son territoire. Cette semaine encore, il a lourdement répliqué par plusieurs frappes contre des positions du Hamas après l'envoi d'une roquette et de tirs contre ses soldats opérant le long de la frontière.
De tels tirs sont communément attribués à des organisations salafistes mais Israël dit tenir le Hamas pour responsable de ce qui se passe dans le territoire qu'il gouverne.
Les tirs de roquettes de mercredi soir sont cependant partis d'Egypte, l'un des deux seuls pays arabes avec lesquels Israël a fait la paix.
Certaines de ces roquettes ont été interceptées en vol par les batteries du système antimissiles Dôme de fer, a indiqué l'armée israélienne. Une autre a explosé en dehors de la ville, a dit un responsable de la mairie d'Eilat.
Les incidents à la frontière entre l'Egypte et Israël sont rares. Fin 2014, deux soldats israéliens en patrouille avaient été blessés par des hommes non identifiés ayant tiré des coups de feu et un missile antichar sur leur véhicule depuis le Sinaï lors d'une tentative de contrebande de drogue, selon l'armée israélienne.
Le 18 août 2011, un commando venu du Sinaï avait tué huit Israéliens dans une triple embuscade au nord d'Eilat. Les forces israéliennes lancées à sa poursuite avaient tué sept assaillants et cinq policiers égyptiens dans des échanges de tirs. L'incident avait déclenché une crise diplomatique entre les deux pays.
Le 9 août 2013, quatre islamistes qui s'apprêtaient à tirer une roquette sur Israël avaient été tués par une frappe aérienne de l'armée égyptienne, selon les forces de sécurité égyptienne.
Avec AFP