"Nous avons eu la confirmation de sa mort il y a 30 minutes", a ajouté le ministère, sans plus de détails.
Contacté par l'AFP, Mounir Ben Salha, avocat autoproclamé de Ben Ali, avait auparavant évoqué ce décès en citant comme sources sa famille et son médecin.
Après plus de deux décennies d'un pouvoir répressif, Ben Ali avait été renversé début 2011 par un mouvement populaire, point de départ d'une vague de révoltes dans la région connue sous le nom de "Printemps arabes".
Il avait fui, le 14 janvier 2011, dans des conditions rocambolesques, vers Jeddah, en Arabie saoudite, où il vivait depuis en exil avec sa famille.
Des rumeurs sur sa mort ont circulé à plusieurs reprises ces dernières années.
Le 12 septembre, Me Ben Salha avait déclaré que le président déchu se trouvait "dans un état critique". Il avait ensuite démenti les rumeurs de décès. "Il n'est pas mort, mais son état de santé est mauvais. Il est sorti de l'hôpital et se soigne actuellement chez lui. Son état de santé se stabilise", avait-il indiqué à une radio locale.
Réagissant à ces dernières "rumeurs", le Premier ministre tunisien Youssef Chahed avait assuré qu'il était prêt à donner son "feu vert pour son retour".
"C'est un cas humanitaire. S'il est malade, comme le disent les rumeurs, il peut rentrer dans son pays comme tout Tunisien", avait dit M. Chahed, interrogé sur la chaîne Hannibal TV. "S'il veut rentrer pour être enterré ici, je donne mon feu vert".
Peu après l'annonce du décès jeudi, le lieu des funérailles --Arabie saoudite ou Tunisie-- restait inconnu.
Ben Ali et son épouse Leila Trabelsi ont régné sur la Tunisie d'une poigne de fer pendant 23 ans, mettant l'économie du pays en coupes réglés.
En 2018, à l'issue de procès par contumace pour "homicides volontaires", "abus de pouvoir" ou encore "détournements de fonds", il avait été condamné par contumace à de multiples peines de prison, dont plusieurs à perpétuité.