Avec 48 sièges sur 120, le parti de M. Thabane devance celui du chef du gouvernement sortant, Pakalitha Mosisili, qui n'en a remporté que 30, a annoncé la Commission électorale indépendante (IEC).
"Nous avons l'intention de former un gouvernement avec l'Alliance démocratique, le Parti national basotho et le Congrès réformé du Lesotho", a annoncé Samonyane Ntsekele, le secrétaire général de la Convention des Basothos (ACB), la formation arrivée en tête.
"Nous officialiserons ce gouvernement de coalition dans les deux prochains jours", a-t-il ajouté.
Thomas Thabane devrait ainsi retrouver son poste de chef du gouvernement, trois ans après en avoir été chassé par un coup d'Etat manqué de l'armée, très influente dans le pays.
En août 2014, des militaires avaient attaqué des postes de police de la capitale, Maseru, pillé des armes et tué un gardien de la paix.
Craignant pour sa vie, Thomas Thabane s'était enfui en Afrique du Sud. Il était brièvement revenu en 2015 pour des élections législatives où il avait été battu.
Ce n'est qu'en février dernier qu'il avait définitivement fait son retour dans ce petit royaume montagneux de 2 millions d'habitants.
Le Lesotho, en proie à une forte instabilité politique depuis cinq ans, fait partie des pays les plus pauvres du monde.
Il dépend essentiellement de son voisin sud-africain auquel il fournit une bonne partie de son eau.
Avec AFP