A deux mois et demi des élections générales, plusieurs candidats, dont le favori conservateur Armin Laschet, ont accusé le changement climatique d'être la cause de ces orages particulièrement violents.
La Belgique, où les intempéries ont fait quatre morts selon les secours, au mois six selon la chaîne RTBF, a également subi d'importants dégâts, tout comme le Luxembourg et les Pays-Bas.
Mais c'est dans l'ouest de l'Allemagne que la situation était jeudi la plus préoccupante.
"Tragédie"
"C'est une catastrophe, une tragédie", a réagi Angela Merkel depuis Washington, où elle a entamé jeudi une visite officielle. La chancelière a promis que l'Etat "ferait tout" pour venir en aide aux sinistrés.
Au moins 42 décès, dont 18 dans le seul district d'Ahrweiler (Rhénanie-Palatinat), étaient à déplorer en fin d'après-midi, selon la police.
Le bilan pourrait encore s'alourdir. Ainsi dans la commune de Schuld, au sud de Bonn, où six maisons en bord de rivière se sont effondrées, la police dénombre entre 50 et 60 disparus.
Les habitants ont été invités à envoyer à la police des vidéos et des photos susceptibles de fournir des indices sur leurs proches disparus.
Dans la localité de Mayen, les rues étaient inondées.
"En 2016, nous avions déjà connu des inondations extrêmes, mais celles-ci les ont dépassées de loin", a témoigné Uli Walsdorf, chef adjoint des pompiers de Mayen.
"Nous sommes conscients du danger, mais nous n'avons jamais rien vu de tel", a renchéri Ortrud Meyer, 36 ans, consciente que la ville est en partie érigée sur une zone inondable.
Armin Laschet, favori pour succéder à l'automne à la chancelière, a annulé à la hâte une réunion de son parti en Bavière pour suivre la situation dans son État, le plus peuplé d'Allemagne.
"La situation est alarmante", a déclaré M. Laschet, qui a visité, chaussé de bottes en caoutchouc, des localités sous les eaux.
Dans cette vaste région, deux pompiers sont morts en intervention, tandis que deux hommes ont été noyés dans leur cave inondée.
Plus de 135.000 foyers étaient jeudi matin privés d'électricité. Faute de courant, les autorités ont entrepris d'évacuer les près de 500 patients de la clinique de Leverkusen.
Les pluies diluviennes ont fait gonfler les rivières, arraché des arbres, inondé routes et maisons.
Les secours tentent d'évacuer les sinistrés, dont beaucoup se sont réfugiés sur le toit des maisons. Mais de nombreux accès sont bloqués, compliquant les opérations.
L'armée allemande est également à pied d'oeuvre dans les régions les plus touchées.
Le ministre des Finances Olaf Scholz, candidat social-démocrate à la chancellerie, va lui aussi se rendre sur place pour estimer les dégâts et les aides à apporter. A deux mois et demi des élections, la candidate écologiste Annalena Baerbock va elle interrompre ses vacances.
Ces intempéries interviennent en effet en pleine campagne électorale et alors que la question du climat joue un rôle central. Elles rappellent aussi de précédentes crues à l'été 2002, que le chancelier Gerhard Schröder avait su affronter, avant d'être réélu face aux conservateurs.
"Accélérer" les mesures pro-climat
"Ces caprices météorologiques extrêmes sont les conséquences du changement climatique", a estimé le ministre de l'Intérieur, Horst Seehofer, pour qui l'Allemagne doit "se préparer beaucoup mieux".
"Cela signifie que nous devons accélérer les mesures de protection du climat - au niveau européen, national et mondial", a renchéri M. Laschet, qui devance les écologistes dans les sondages.
Une atmosphère plus chaude retient en effet davantage d'eau et peut provoquer des précipitations d'extrême intensité. Celles-ci peuvent avoir des conséquences particulièrement dévastatrices dans les zones urbaines, avec des cours d'eau mal drainés et des constructions en zone inondable.
Voisins des régions allemandes les plus touchées, la Belgique et le Luxembourg sont également affectés.
En Belgique, l'armée a été déployée dans quatre des dix provinces du pays pour participer aux secours et notamment aux nombreuses évacuations. Des tentes ont été mises à disposition pour reloger des habitants de Spa, la ville thermale sous l'eau depuis mercredi.
La crue de la Meuse "va prendre un caractère très dangereux à Liège même", a mis en garde le président de la région wallonne Elio Di Rupo.
Aux Pays-Bas, la province du Limbourg a également déploré d'importants dégâts. Plusieurs axes, dont une autoroute très fréquentée, ont été fermés face au risque de crues.