Au total, 1,1 million de résidents des provinces de Kagoshima et Miyazaki étaient concernés par ces instructions d'évacuation, mais seulement une minorité - environ 3.000, dont de nombreuses personnes âgées - avaient rejoint des refuges jeudi matin dans la préfecture de Kagoshima, selon un décompte officiel.
Des inondations et glissements de terrain ont eu lieu dans certaines zones, emportant des voitures et engloutissant une maison, a rapporté la chaîne publique NHK.
Depuis le début de ces fortes pluies fin juin, une personne a trouvé la mort et plusieurs autres ont été blessées.
Lire aussi : Le Premier ministre japonais en médiateur en IranBien qu'il s'agisse d'ordres d'évacuation - l'avertissement le plus élevé que peuvent émettre les autorités - ils ne sont pas contraignants, et sont souvent ignorés par les habitants.
Près de 900.000 résidents font par ailleurs l'objet de recommandations d'évacuation moins pressantes sur cette même île de Kyushu.
L'agence de météorologie nationale s'était montrée alarmiste mercredi. "Si les averses torrentielles se poursuivent pendant plusieurs heures, nous risquons de devoir émettre notre niveau d'alerte maximum", signalant qu'une catastrophe est imminente, a averti un responsable de l'agence, Ryuta Kurora.
"Ce serait alors trop tard pour évacuer. Evacuez sans attendre", a-t-il insisté.
Les intempéries se déplaçaient jeudi et devaient toucher le centre et l'est du Japon dans les jours à venir.
Le gouverneur de Kagoshima, Satoshi Mitazono, a lui aussi évoqué une situation "extrêmement dangereuse". "Un désastre majeur pourrait survenir n'importe où, n'importe quand", a-t-il affirmé, disant avoir demandé l'aide des forces d'autodéfense (nom de l'armée japonaise).
Lire aussi : Donald Trump a quitté le Japon après une visite d'Etat de quatre joursLes transports ferroviaires étaient perturbés, en particulier le trafic du train à grande vitesse Shinkansen dans le sud de Kyushu, et plus de 150 écoles ont dû annuler les cours, d'après l'agence de presse Kyodo.
Début juillet 2018, plus de 200 personnes avaient péri dans des inondations de l'ouest du Japon, alors que les instructions d'évacuer avaient été émises trop tardivement et souvent pas respectées. Des quartiers entiers avaient disparu sous des coulées de boues ou submergés par les eaux.
Avec AFP